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數碼顯微鏡的選購和普通的生物顯微鏡在選購上要考慮的因素絕大部分相同，只多了一部分攝影攝像的功能和圖像軟件，所以在光學成像效果要達到需求外，要求數碼攝像頭的輸出圖像也要能達到客戶需求。
現在市場上可供選擇的數碼顯微鏡很多，涵蓋了進口和國產品牌，產品質量也參差不齊，在數碼顯微鏡選購的時候主要注意一些什么呢?
1、數碼顯微鏡的像素
很多人在選擇數碼顯微鏡的時候很看重攝像頭的標稱像素，只用這樣一個標準來衡量數碼顯微鏡的優與劣，其實這是不全面的，不同的廠商標示的同一標準的Zgao像素值出來的效果有好有差，這與攝像頭的顯示芯片有著莫大的關系，就如同在市場上購買的手機，標稱800萬或者一千萬像素甚至更高，但是可能拍照的效果還不能和500萬像素的數碼相機比。數碼顯微鏡的核心部分包括了光學部分和顯示芯片，現在主流的顯示芯片有CCD和CMOS兩種，前者優于后者。
目前，主流的數碼顯微鏡現在有200萬到800萬像素可供選擇，新產品可能像素值更高，實際顯示效果可以通過觀看顯微鏡廠商提供的實物得到直觀的評價。
2、數碼顯微鏡的數碼攝像功能
攝像技術可以在預覽窗口中調節好圖像效果并將圖像的Z佳狀態拍攝下來，即可保存或處理，能達到既真實又實時的效果，而照相無法對圖像進行預處理，特別是對于些細節如色彩、局部結構的清晰度等進行直接的調節。只有等將圖像輸入電腦后才能知道圖像的效果，如不理想，須重拍，仍然只能進行盲操作，這樣要想拍到一張符合自已要求的數碼圖像，可能要經過多次的反復拍攝才可以。
如果切片或標本移動了位置，要想復位就更困難。這也正是許多科研、教育工作者盡管有了數碼相機還是要購置數碼顯微鏡的原因。
3、數碼顯微鏡的數字技術
顯微鏡本身的光學性能是實現能否清楚、真實地觀察標本的基礎。數字技術的些指標如分辨率等是關系到數碼顯微鏡觀察圖像的大小、清晰度的重要指標。
4、數碼顯微鏡的輸出信號
功能多且強大的數碼顯微鏡能同時輸出模擬信號和數字信號，使數碼顯微鏡能充分利用電腦，電視或監視器，發揮更大的效用且即插即用，操作非常方便。
有的數碼顯微鏡只有模擬信號輸出，只能連接電視機或監視器，應有范圍比較狹窄。而比較好的能輸出數字信號和模擬信號，包含USB數字信號端口，RCA端口和S端口，而且是即插即用，數字系統和普通顯微鏡一體化設計，安裝在顯微鏡內部，用起來非常方便，且不容易損壞。
5、數碼顯微鏡的軟件功能
數碼顯微鏡Z終是通過軟件來實現其強大功能的。所以軟件功能的多少、強大與否是非常關鍵的。如是否可以實現動態實時預覽，動靜態捕捉，錄音，錄像，目標的分割和計算，存儲打印報告，遠程共享和圖像處理等功能這些功能是在生物教學和交流中經常用到的，生物的微觀觀察教學和交流*可以并入校園多媒體教學網。
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