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根據DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為：普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR，實時熒光定量PCR儀等幾類
?、倨胀≒CR儀
一般把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀，也就是傳統的PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。
普通PCR儀主要應用于科研、教學、臨床醫學、檢驗、檢疫等。
如:啟步BSW-2P,BSW-3P,BSW-6P-I/II ,ABI 2720型
?、谔荻萈CR儀
一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(通常12種溫度梯度)的稱之為梯度PCR儀。不同的DNA片段其適合的退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的適合退火溫度進行有效的擴增。
梯度PCR儀主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣既節約時間，也節約成本。在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。梯度PCR儀多應用于科研、教學機構,檢驗、檢疫等。
如:,ABI 9700,ABI Veriti, Bio-Rad T100 PCR儀
③原位PCR儀
PCR是提取細胞或組織中的DNA進行基因擴增反應，而原位PCR是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置上進行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA，而且還可以了解靶DNA存在于何種細胞中，更有利于探討靶DNA與細胞之間的關系。
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