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水中菌藻為細菌、真菌和藻類，它們增殖快，可以形成細菌微生物膜，對設備造成污塞和腐蝕。因此，藻類微生物檢測就顯得十分重要，我們應了解藻類微生物中“藻”與“菌”的具體關聯。
“藻”與“菌”在各種營養元素來源上的沖突與否：
1.它們在碳源營養來源上沒有沖突，甚至是相輔相成的，乳酸菌所需要的碳主要來源是外來碳（如糖類，飼料），而藻類需要的是二氧化碳為主的碳源，定期使用糖份潑灑的情況下，可滿足建立水體菌相的需要，同時還因為乳酸菌是分解者，可以分解藻類死亡后的尸體、有機碎屑、殘餌、糞便、和解磷等，其分解產物可以成為藻類的營養來源，所以在碳源營養上是互助型的。
2.它們在能量來源上也是沒有沖突的；乳酸菌的能量來自碳水化合物，藻類的能量來自陽光。所以在主要的碳源和能量上是沒有沖突的，甚至是相輔相成的，有相互促進的關系。
3.它們在礦物質和微量元素營養上，在部分的氮源營養上是有沖突的，是競爭的關系，但這種競爭的關系，在現代高密度養殖中，是微乎其微的，因為在現代高密度養殖模式下，池塘水體中不缺氮源，投入的大量餌料，魚蝦的糞便，水肥中的氮源和微量元素等，已經夠多的了，多到藻類都無法單獨吸收消化，反而有必要大量使用乳酸菌制劑，來幫助消化吸收，和清理水體氮源過多的環境，氮過多的一個跡象就是每年藍藻的泛濫，藍藻往往喜歡高氮水體，高pH水體，而恰恰這是乳酸菌的特長，乳酸菌可以吸收多余的氮源，可以降低pH值（其他菌和光合細菌和芽孢桿菌和反硝化都是升pH的），所以，經常使用乳酸菌潑灑的池塘，往往藍藻相對要少得多，即便因為密度太高，投餌實在太多，有一定的藍藻，魚蝦也往往健康無事。
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