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在大容量柱溫箱分析系統中，對色譜柱溫度控制的要求越來越高，藥典及諸多新的分析方法，也對柱溫給出條件，由于色譜柱恒溫箱可以精確、穩定的控制色譜柱的使用溫度，對于提高色譜柱的柱效，改善色譜峰的分離度，縮短保留時間，降低反壓，保證分析樣品結果的重復性，具有不可忽視的作用。使其成為高效液相色譜儀的重要配套裝置。
色譜柱與流動相的溫度，影響著組分的分離平衡，對于使用大容量柱溫箱的有益之處我們認為有以下幾點：
1、大容量柱溫箱可以使保留時間相對恒定，對需要進行的定性鑒別可提高其可信度；
2、保留時間相對恒定是進行定量的基礎，不同的保留時間不僅不能判斷其成份的一致性，同時，由于保留時間不同峰面積也必將發生變化，其檢測結果的可信度將受質疑。
3、大容量柱溫箱溫差較大時，因保留時間不穩將增加檢測工作的麻煩。
4、溫度低的時候，因流動相黏度增加而使檢測時間延長，同時增加泵的磨損，影響設備的使用壽命。
5、溫度低的時候還因溶解度相對下降而出現緩沖鹽結晶而堵塞泵、進樣閥、管道、色譜柱的現象。
6、溫度低時還因溶解度下降使雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。
對于流動相溫度的控制目前沒有很好的方法，即使是整個室內使用空調也難于使流動相的溫度保持一致，因此，目前大多采用控制柱溫的方法，使用柱溫箱能耗低，控溫精度高，是液相色譜儀的輔助設備，藥品標準中，有不少品種對柱溫也有明確要求。
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