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步驟一：預處理萃取柱。
在萃取樣品之前，為了濕潤固相萃取柱填料，用一滿管溶劑沖洗管子。反相類型硅膠和非極性吸附劑介質，通常用水溶性有機溶劑如甲醇預處理，然后用水或緩沖溶液。甲醇濕潤吸附劑表面和滲透鍵合烷基相，以允許水更有效地濕潤硅膠表面。有時前預處理溶劑使用在甲醇之前。這些溶劑通常是與洗脫溶劑一樣，是用之消除固相萃取管上的雜質及其對分析物的干擾，也可能該雜質只溶于強洗脫溶劑。
正相類型固相萃取硅膠和極性吸附劑介質，通常用樣品所在的有機溶劑來預處理。離子交換填料將用于非極性有機溶劑中的樣品，其用3-5ml的去離子水或低濃度的離子緩沖溶液來預處理。為了使固相萃取填料從預處理到樣品加入時都保持濕潤，允許大約1毫升的預處理溶劑在管過濾片(frit)或萃取片表面之上。如果樣品是從一個貯液管或過濾管引入固相萃取管，則多加入0。5毫升*后的預處理溶劑到1毫升的固相萃取管中，如果是2毫升到3毫升的萃取柱中，多加入4升到6毫升管中等等。這是為了保證在樣品加入之前萃取柱濕潤。如果在樣品加入之前，萃取柱中的填料干了，重復預處理過程。在重新引入有機溶劑之前，用水沖洗柱中緩沖溶液的鹽。
步驟二：加入樣品。
將樣品裝入萃取柱，此時，固相萃取小柱中的填料會吸附樣品中所感興趣的化合物或者樣品中的雜質。這樣，當樣品流出時，所選擇的化合物(包括雜質)被留在萃取柱上。
步驟三：沖洗填料。
用一種強得能洗脫雜質而又弱得能保留感興趣的化合物的沖洗液來沖洗雜質。
步驟四：洗脫感興趣的化合物。
用溶劑將被吸附在萃取柱上的化合物洗脫在溶液里。
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