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全自動顯微鏡操作菜單和所采集的圖像及顯微鏡功能控制同界面，即由軟件控制自動調焦、自動物鏡切換、自動功能轉換(明場、暗場、偏光、微分干涉相襯等觀察方法)、自動掃描載物臺、自動調光、自動采集圖像等。實現多個特征位置記憶，操作者可精確地對前幾次或幾十次的位置快速定位，可實現多視野的拼接和觀察，再根據實際需要靈活進行圖象處理分析等。脫機可電動、手動操作。計算機通過軟件自動控制顯微鏡動作的全自動系統，操作菜單和所采集的圖象及顯微鏡功能控制同界面，即由軟件控制自動調焦、自動物鏡切換、自動功能轉換(明場、暗場、偏光、微分干涉相襯等觀察方法)、自動掃描載物臺、自動調光、自動采集圖像等。實現多個特征位置記憶，操作者可精確地對前幾次或幾十次的位置快速定位可實現多視野的拼接和觀察，再根據實際需要靈活進行圖象處理分析等。
全自動顯微鏡廣泛應用于工業檢測、刑偵、生物科學、文物鑒定、藝術品移動備案等諸多方面，下面進行具體舉例分析：
(1)工部件的全自動探傷：在工業檢測現場，運用顯微鏡，通過設置，可對被檢測的工部件的全體和局部進行分別檢測，在電腦、高清電視等實時顯示探傷等微觀效果，在工部件研發、生產、質檢、售后等各部門得到廣泛應用，大大提高工業檢測質量和工作效率。
(2)刑偵物證全自動探尋：顯微鏡技術在刑偵中也得到普遍應用，將經過處理的紋痕、微小物證等運用顯微鏡，通過自動對焦，免去傳統顯微鏡繁瑣的操作過程，使工作人員可迅速的檢測出探尋的效果。
(3)生物生長全自動記錄：在科研單位、大學院校等生物研究單位，許多時候需要對觀察的生物的生長進行全程記錄，如果是運用傳統的生物顯微鏡的話，需要定時對所觀察的動、植物進行觀察、拍照記錄，而動、植物的生長又是個緩慢過程，研究人員很難做到規律、準確的記錄過程，而運用顯微鏡，通過具體的定時設置，即可全自動抓拍每個時間段的動、植物生長過程，大大節省了研究人員的精力和時間。
(4)文物鑒證全自動掃描：當前，我國收藏行業正積極推動藝術品鑒證質量溯源建設，是有效解決藝術品鑒定市場存在的“鑒定無標準、檢測無規則、執業無資質”等亂象的重要舉措。而在藝術品鑒證環節，其中一個重要的步驟就是對需要備案的文物藝術品進行全影像、局部采點取證，運用顯微鏡可對需備案的文物藝術品進行自動、全覆蓋微觀掃描、取證，成為藝術品鑒證質量溯源建設必要工具。
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