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液體自動進樣器使用過后主要用純水、甲醇或*等溶劑沖洗或超聲清洗，污染嚴重可用棉簽輕輕擦拭，不可用力過度，避免破壞內表面產生活性點，然后放置到烘箱七十度烘干后干燥冷卻密封存放即可。
預防液體自動進樣器出現故障的措施：
正確安裝進樣閥，保持清潔。
進樣針應經常檢查維護，必要時更換，注意準確設置針吸液高度，防止針頭彎曲。
建立系統期間核查檔案，定期對進樣器進行峰面積重復性考察，隨時維護校正。
樣品支架安裝到位，避免針扎錯位。
樣品必須是無固體顆粒的均勻液體，對于特別臟的樣品，必要時可經0.45μm濾膜過濾，樣品應選用合適溶劑溶解，與流動相互溶。
編輯進樣器沖洗程序，每次進樣前和進樣后都應沖洗進樣閥，清洗針外壁，防止交又污染。
樣品瓶應充分洗凈后使用，大小匹配樣品架，瓶蓋隔膜墊密封性能良好，便于針頭穿刺數次不滲漏，且無殘留樣品積聚隔膜墊處。
液體自動進樣器進樣體積不準確的原因和解決方法：
原因：瓶中樣品量不夠；注射器泄漏；樣品黏度大；樣品瓶中產生真空；由泵流量不穩，溫度波動等系統問題引起；計量泵不準。
解決方法：
保證樣品量足夠，調整好針吸液高度；修理，更換；稀釋樣品或減慢針抽取樣品速度進樣體積不準確；旋松瓶蓋，瓶中樣品不要裝太滿；檢查基線是否穩定，出峰保留時間是否一致，排除系統問題；校準計量泵，必要時更換。
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