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色譜柱性能影響因素有很多，例如，硅膠純度、色柱尺寸、顆粒形狀、粒徑、表面積、孔徑，化學性質包括鍵合類型、碳覆蓋率、封端，在選擇色柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色柱
2.如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC(親水色譜)，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色柱(缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗)
3.若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱(高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾)或一些經過修飾的C18柱(如極性嵌入技術或堿去活技術等)，他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色柱在高pH值檢測(優點是方法開發簡單，缺點是目前實現這一技術的色柱品牌比較少，價格也高)或者選用HILIC色譜柱(硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經典的檢測堿性樣品的方法)選擇強離子交換柱(缺點是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗)也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色柱
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