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蛋白純化要利用不同蛋白間內在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質的污染，而利用各蛋白質的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學活性都會有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。
凝膠層析蛋白純化系統采用高度靈活配置的模塊化設計，具有許多優點來進行快速、靈活、穩定的純化。硬件的所有閥門、檢測器和層析柱均面向操作者安裝，方便科研人員清楚、直觀地了解各個模塊之間的關系和樣品以及緩沖液的流路。將樣品環上樣改進為直接上樣，入口可實現系統和層析柱的自動清洗。科研人員從一個純化任務轉向另一個純化任務僅僅需要幾分鐘，在保持準確性和確保重復性的同時，大大地節省制備時間。
凝膠層析蛋白純化系統的樣品制備：
1.樣品必須澄清，沒有顆粒狀物，否則容易堵塞層析柱。
2.樣品緩沖液：樣品緩沖液的pH、離子強度和組成不會顯著性影響結果的分辨率，只要這些參數不影響被分離蛋白質的大小和穩定性，也不超出填料的穩定范圍。
3.樣品濃度：凝膠過濾分離效果與樣品量無關，因此與樣品濃度也沒有關系。通常蛋白濃度不要超過60mg/mL。樣品的溶解性和粘度會限制樣品濃度，關鍵在于樣品相對于流動相的粘度，太高的樣品粘度會引起分離的不穩定性和不規則的流動形式，會導致非常寬和成串的峰形，反壓也會增加，因此對于粘度大的樣品需要進行稀釋。
樣品體積：在凝膠過濾中，這是重要的參數之一。一般推薦上樣的體積在1-30%之間，可以做梯度實驗，確定較佳的上樣體積。
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