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單細胞轉錄組的技術在目前的科研實驗中應用越來越多。最初的細胞轉錄組我們都是把一群細胞或一個器官混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值，單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質性。
細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當我們對整個組織或者器官進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉錄組來測序，相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態，所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。
單細胞的RNA量比較少，所以要擴增的話循環數就會比較多，會引入一些PCR擴增帶來的偏好性，為了解決這個問題，就有了現在的技術—體外轉錄，這個技術不通過擴增，在RNA上加一個T7的啟動子，讓它一輪一輪的轉錄出新的RNA，實現線性擴增。
單細胞轉錄組測序主要應用于特別難獲取的細胞，比如說胚胎發育早期，合子，二細胞，四細胞，八細胞期，這時候因為每一個階段細胞的數目都是很有限的，當時就想著能夠開發一個技術對這種含量特別少的細胞能夠提取建庫成功，然后獲得它們的表達量，從而來研究這些常規轉錄組所研究不了的生物過程，所以當時的發展是盡量提高測序的深度。
轉錄組可用于多種物種的組織，包括小鼠腦和人乳腺癌組織、人心臟組織和擬南芥花序組織，是一項新開發的技術，已顯示可用于小鼠大腦的冷凍切片分析。這些直接的mRNA捕獲方法不需要其他的設備，具有相對簡單的分析方法，并且可能大規模應用于許多組織。
Namocell單細胞分離儀可以快速、高效、輕柔地幫助用戶將目的單細胞分離至8聯排，96孔板或者384孔板中，用于后續的單細胞轉錄組檢測。對于用戶的特殊細胞樣本如少量細胞、極低陽性含量的稀有細胞等，Namocell都可以提供更好的解決方案，為用戶提供更好的單細胞。
上圖顯示的是相同細胞樣本通過FACS流式分選和Namocell的Hana單細胞分離儀分選得到的單細胞，分別進行單細胞測序得到的結果。可以清楚地看到，通過Hana分離后的單細胞狀態更好，能夠有更多有用的信息被檢測到。
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