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奧林巴斯顯微鏡主要用于生物領域，用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等也可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學儀器。
奧林巴斯顯微鏡的主要操作有：調焦，視度調節，瞳距調節和燈泡更換幾個步驟。
調焦：將工作臺板放入底座上的臺板安裝孔內。奧林巴斯顯微鏡觀察透明標本時，選用毛玻璃臺板;觀察不透明標本時，選用黑白臺板。然后松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節奧林巴斯顯微鏡的高度，使其與所選用的物鏡放大倍數大體一致的工作距離。調好后，須鎖緊緊固螺釘。調焦時，建議選用平面物體，如印有字符的平整紙張、直尺、三角板等。
視度調節：先將奧林巴斯顯微鏡左右目鏡筒上的視度圈均調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察。將變倍手輪轉至較低倍位置，轉動調焦手輪和視度調節圈對標本進行調節，直至標本的圖像清晰后，再把變倍手輪轉至較高倍位置繼續進行調節直到標本的圖像清晰為止，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節左目鏡筒上的視度圈，直到標本的圖像清晰為止。
瞳距調節：扳動奧林巴斯顯微鏡目鏡筒，可以改變兩目鏡筒的出瞳距離。當使用者觀察視場中的兩個圓形視場*重合時，說明瞳距已調節好。應該注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得較佳的觀察效果。
燈泡更換：無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前，請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。當更換奧林巴斯顯微鏡光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。當更換下奧林巴斯顯微鏡光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡;再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。奧林巴斯顯微鏡更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以保證照明效果。
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