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制備色譜是以分離出純物質為目的的色譜系統，分析色譜是以分析出樣品組分信息為目的的色譜系統，基于他們目的的不同，制備色譜相對于分析色譜有很多不同特征。制備色譜常用的色譜模式有低壓，中壓，高壓三種，以應對不同類型和不同純度要求的樣品的分離，同時盡可能減少成本。
低壓：一般而言，低壓適合易分離化合物，但分離時間長很容易造成敏感化合物分解。
中壓：中壓一般采用恒流泵提供恒定的流動相流速，填料顆粒更小，分辨率更高，耐受更高壓力和更快流速。
高壓：高壓通常在分離制備的后階段采用，應用于分離困難的樣品，純度甚至能達到99.9%。
與傳統的純化方法（如蒸餾、萃取）比較，制備色譜是一種更有效的分離方法，因此被廣泛應用在樣品和產品的提取和純化上。隨著合成、植化、生化和制藥等領域對高純度組份的需求不斷增加，制備型液相色譜儀應用的領域也在迅速的擴大發展。目前，實驗室級別的制備液相色譜主要用于以下領域：
1.天然藥物化學、中藥化學。
2.蛋白純化。
3.藥物雜質純化。
4.手性化合物的制備。
制備型高效液相色譜系統主要應用在植化、合成、制藥、生物及生化等領域的產品的提取及純化工作.在不同的工作領域中，組份的提取和純化量的差異是很大的。在生物技術領域中，酶的分離是微克級；在植化和合成化學領域中，為了鑒別未知成份并進行結構測定，需要得到一至若干毫克的純品；在藥品和醫藥學測試中，需要克級的標準品和對照品；在當今的工業級提純中，制藥成份往往需要千克級的提取。
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