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熒光顯微鏡一般都用高強度的汞燈做激發光源。使用濾色片把不需要的光濾去，只留下激發熒光集團的高強度很純的光線。這個單色的光線通過物鏡照射到樣本上之后，樣本會被激發出發射光(熒光)，熒光和激發光都會沿著物鏡光路返回，這樣的話，就需要用一個二相色鏡把激發光濾去，只讓我們需要看到的熒光透過。
熒光顯微鏡的應用要點
熒光顯微鏡的應用要點
熒光顯微鏡是利用“光化熒光”成像，如果所選激發波長在肉眼所看不見的近紫外光區(320～400nm)，熒光的發射光譜也較普通光鏡光源的平均波長短，光學分辨率提高。高能量的光子與電子碰撞，使得電子從基態躍遷到激發態。激發態的電子很不穩定，會重新回落到基態，這個過程中會消耗部分熱能，并發出新的光子。新的光子能量比起初的光子能量低，因此波長更長。由于新的光子波長區別于入射光的光子波長，通過一定的光學處理方法將兩束不同波長的光分開，從而使我們只看到發射出來的新光子(熒光信號)，也就是熒光顯微鏡看到的熒光圖像。
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