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搖瓶培養液體菌種技術這種方法用的設備主要是搖床分為往復式及旋轉式兩種,投資需幾千元。其技術要求較發酵罐要低一些,容易掌握,適合一般的制種單位和大型個體戶。整個生產流程包括培養基配制分裝→消毒→冷卻→接種→搖床培養→一級液體種→二級液體種→接固體培養基。培養液配制好后，裝入三角燒瓶中，裝量為三角燒瓶容量的1/5，并加入0～15粒小玻璃珠，滅菌過后接入一塊約2平方厘米的斜面菌種，再靜置培養48小時，再置往復式搖床上振蕩培養，振蕩頻率、振幅根據對象食用菌而定，一般為80～100次/分，6cm～10cm。如果用旋轉式搖床，振蕩頻率為200～220轉／分。搖床室溫控制在24℃～25℃，培養時間因菌類不同而異，一般是在7天左右。同樣培養過程中需要時刻監測菌種的質量。
菌種質量監測生產過程中發酵液的質量檢測是的一項，菌液顏色和氣味是否正常是檢測發酵液質量的重要標準。正常情況下，菌液初期略顯渾濁，隨著發酵的進行逐漸變為清澈，菌液顏色越來越淡；若有污染發生，菌液始終處于混濁狀態，菌球與菌液的界限不明顯，且發酵液顏色有異常變化。培養初期，菌液有培養基的香味，隨著培養時間的延長會越來越淡，后期呈菌絲的氣味；若染菌或菌種質量不好，會有酸、臭、酒味或其他異常的氣味。因而在菌種培養過程中，工作人員要經常聞一聞排氣口排出的氣味是否有異常。
發酵終點的判定這直接關系到生產的液體菌種的數量和質量，發酵時間過短不僅會造成資源浪費菌種發酵也未達到最佳狀態，發酵時間過長，營養消耗過度，會使菌體活力下降，甚至菌絲發生自溶。可以通過菌球形態、密度及菌液顏色、氣味等指標進行初步判斷。食用菌進行分批培養時遵循微生物生長曲線規律，即有延滯期、對數生長期、穩定期、衰亡期，其中對數生長期的菌絲體生活力最旺盛，是放罐接種的最佳時期。實踐表明，培養72h形成活力最盛的菌球，直徑約0.3cm，菌球濃度約80%～85%[1]3.液體菌種固化技術液體菌種較固體菌種有諸多優點，為食用菌生產的規模化指明了方向，但是液體菌種儲存時間短，不易保存的特性，這一特性提高了液體菌種的生產成本，制約了液體菌種的進一步的推廣應用。近年來有研究者提出將液體菌種同固體基質進行混合，形成固化菌種從而提高液體菌種的保存時間。食用菌液體菌種固化技術，可有效解決液體菌種的上述缺點。在優選的蔗糖、豆餅粉液體培養基中搖瓶培養香菇856，將得到的菌絲球與優選的
主要成分是棉籽殼的固化載體基質按l：6的比例混合，制成固化菌種，室溫保藏30d，與保藏0d的固化菌種相比，呼吸強度低，纖維素酶活力明顯升高，萌發力強，菌絲生長快。[5]另外還有研究者對固化菌種的生產成本進行了估算，按照本試驗中的菌種固化方法及模擬的生產規模，計算出的平菇固化菌種生產成本為0.755元/千克，每千克比平菇常規菌種的生產*.9元低0.145元，減低比例達19.2％，具有明顯的經濟效益
液體菌種生產技術新走向——還原型液體菌種，還原型液體菌種不同于通常的發酵液體菌種，它是將利用生物工程技術生產的菌絲塊進行粉碎、稀釋后做成的菌種。有實驗證實這種菌種200克的菌絲塊可以接種5萬瓶，生產2噸食用菌，食用菌生產過程中要使用大量菌種，生產環節中成本最高的就是菌種，還原型液體菌種技術能夠使用極少量的菌種生產大量食用菌極大的降低了生產成本，無疑是技術上的革新，可能成為將來食用菌生產技術新的發展方向。還原型液體菌種還有諸多優點：比如說可以任意選擇菌絲濃度、培養與生育時間縮短。以金針菇為例，利用固體木屑種生長周期為55天，利用發酵液體菌種為48天．而利用還原型液體菌種為42天。初期投資成本低，只需要接種機、接種罐、菌絲塊攪拌機及簡易無菌箱。由于不需要液體發酵罐進行深層培養，即可以有效控制菌種來源的污染，解決了使用液體菌種污染率高的問題，綜上優點還原型液體菌種具有很高的推廣價值。[6]5.液體菌種新的層面上的應用
液體菌種的應用早就跳出了只用于生產食用菌子實體的層面，在新世紀里早就得到了更高層面的應用。從食用菌液體菌種發酵產物中可提取出多種生理活性物質，如多糖、酚類、萜類化合物、多肽、生物堿、維生素、核酸、酶、氨基酸、甾醇、具抗生素作用的化合物以及植物激素等，液體菌種中提取的真菌多糖也是廣泛銷售的保健品；食用菌菌種在液體培養過程中會產生多種生理活性物質具有抗癌、抗病菌、抗病毒、抗衰老、消除炎癥、提高機體免疫力等醫療保健功效，某些利用液體培養菌絲體制造的食用菌藥物已經上市如靈芝菌片、蜜環片、寧心寶膠囊等；以食用菌為原料，利用其他一些農副產品進行食用菌液體菌種培養生產的菌絲體飲料或加強型飲料，據報道這種飲料味道鮮美，營養豐富；利用食用菌的菌絲體含有高蛋白的特點用來生產綠色食品添加劑。利用液體菌種培養技術生產食用菌營養品、保健品、藥品或其他生物制品將是食用菌產業開發的新領域，有著十分廣闊的發展前景。
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