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斜面傳代保藏
斜面傳代保藏方法是將菌種定期在新鮮瓊脂斜面培養基上、液體培養基中或穿刺培養，然后在低溫條件下保存。它可用于實驗室中各類微生物的保藏，此法簡單易行，且不要求任何特殊的設備。但此方法易發生培養基干枯、菌體自溶、基因突變、菌種退化、菌株污染等不良現象。因此要求最好在基本培養基上傳代，目的是能淘汰突變株，同時轉接菌量應保持較低水平。斜面培養物應在密閉容器中于5℃保藏，以防止培養基脫水并降低代謝活性。此方法一般不適宜作工業生產菌種的長期保藏，一般保存時間為3~6個月。如放線菌于4~6℃保存，每3個月移接一次；酵母菌于4~6℃保存，每4~6個月移接一次；霉菌于4~6℃保存，每6個月移接一次。
真空凍干保藏
真空冷凍干燥的基本方法是先將菌種培養到最大穩定期后，一般培養放線菌和絲狀真菌約需7~10天，培養細菌約需24~28小時，培養酵母約需3天。然后混懸于含有保護劑的溶液中，保護劑常選用脫脂乳、蔗糖、動物血清、谷氨酸鈉等，菌液濃度為109~1019個/ml，取0.1~0.2ml菌懸液置于安瓿管中冷凍，再于減壓條件下使凍結的細胞懸液中的水分升華至1%~5%，使培養物干燥。最后將管口熔封，保存在常溫下或冰箱中。此法是微生物菌種長期保藏的最為有效的方法之一，大部分微生物菌種可以在凍干狀態下保藏10年之久而不喪失活力。而且經凍干后的菌株無需進行冷凍保藏，便于運輸。但操作過程復雜，并要求一定的設備條件。
礦物油中浸沒保藏
此方法簡便有效，可用于絲狀真菌、酵母、細菌和放線菌的保藏。特別對難于冷凍干燥的絲狀真菌和難以在固體培養基上形成孢子的擔子菌等的保藏更為有效。是將瓊脂斜面或液體培養物或穿刺培養物浸入礦物油中于室溫下或冰箱中保藏，操作要點是首先讓待保藏菌種在適宜的培養基上生長，然后注入經160℃干熱滅菌1~2h或濕熱滅菌后120℃烘去水分的礦物油，礦物油的用量以高出培養物1cm為宜，并以橡皮塞代替棉塞封口，這樣可使菌種保藏時間延長至1~2年。以液體石蠟作為保藏方法時，應對需保藏的菌株預先作試驗，因為某些菌株如酵母、霉菌、細菌等能利用石蠟為碳源，還有些菌株對液體石蠟保藏敏感。所有這些菌株都不能用液體石蠟保藏，為了預防不測，一般保藏菌株 2~3年也應做一次存活試驗。
干燥-載體保藏
此法適用于產孢子或芽孢的微生物的保藏。是將菌種接種于適當的載體上，如河砂、土壤、硅膠、濾紙及麩皮等，以保藏菌種。以沙土保藏用得較多，制備方法為：將河砂經24目過篩后用10%~20%鹽酸浸泡3~4 h，以除去其中所含的有機物，用水漂洗至中性，烘干，然后裝入高度約1cm的河沙于小試管中，121℃間歇滅菌3次。用無菌吸管將孢子懸液滴入砂粒小管中，經真空干燥8 h，于常溫或低溫下保藏均可，保存期為1~10年。土壤法以土壤代替砂粒，不需酸洗，經風干、粉碎，然后同法過篩、滅菌即可。一般細菌芽孢常用砂管保藏，霉菌的孢子多用麩皮管保藏。相關文章：常見的一些微生物菌種保藏的10個方法
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