樣本間交叉污染

主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。 

PCR試劑的污染

主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。

克隆質粒的污染

在實驗室操作中經常會用到陽性參考品，這些陽性參考品大多數是由某些克隆質粒制作而成，克隆質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。

PCR擴增產物污染

這是PCR反應中主要常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。還有一種容易忽視，可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染，在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，據計算一個氣溶膠顆粒可含4.8萬拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。