一、生物安全柜安放位置
從生物安全柜前臉的開口流入柜內的氣流速度約為０．４５米／秒。以這一風速，柜內單向流的一致性易受干擾，很容易被安全柜附近人員的走動、開窗、送風配風器、門的開關所干擾。按理想的布置，應放在遠離活動及可能有干擾氣流的地方。應盡量在安全柜的后側及兩側留下３０厘米的空間，便于維護作業。柜子上方則留下３０～３５厘米的高度，以便對排風過濾器的風速進行測量，并為排風過濾器的更換留下足夠空間。

二、生物安全柜的清潔與消毒
生物安全柜內的所有物品，包括設備，都應在工作完成之后進行表面去污處理并從柜內取出，因為殘留的培養介質可能會提供微生物的生長條件。安全柜的內表面應在每次使用前與使用后進行去污處理。要用消毒劑擦拭工作臺表面及內壁面，使用的消毒劑應能殺死柜內可能存在的所有微生物。一天工作結束時，應進行zui后表面去污處理，即對工作臺、各個側面、背面及玻璃的里面進行全面擦拭。可以使用漂白液或７０％酒精，這種對目標生物有效的消毒劑。如使用漂白液這種有腐蝕性的消毒劑，則要用滅菌水進行二次擦拭。建議工作柜在清潔、消毒時處在工作狀態。如果其未處在工作狀態，則應運行５分鐘，以便在安全柜關閉前將其中的氣體清除掉。

三、生物安全柜的去污處理
對１級和２級生物安全柜的去污，是將適量的低聚甲醛（使柜內空氣中的低聚甲醛的zui終濃度為８０％）置于電熱盤或煎鍋上（從柜外控制）。另將一個放有比低聚甲醛多１０％的碳酸氫的電熱盤或煎鍋也放在柜內（在柜外控制）。這第二個容器上應帶蓋，這個蓋子可以從遠處取下來（例如系在一根線上，線可以從柜外拉動）。這樣可以使提前中和的低聚甲醛達到zui小。
如果相對溫度低于７０％，有熱水的開口容器。如果沒有前隔板，則要用生型塑料擋板，將其用膠帶粘在前臉，確保不會有氣體漏入房間。當盤內的低聚甲醛已全部揮發或開關已打開１小時后，將開關關閉。將安全柜放置一整晚不得觸動。然后將第二個盤子的蓋移開并打開其開關，碳酸氫氨開始揮發。這時，關閉盤子的開關，讓安全柜開始工作，使碳酸氫氨氣循環１小時。然后可以取下前隔板（或塑料擋板），安全柜即可使用。