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離子色譜柱是一種用來改善在反相色譜中保留較差的強極性物質保留行為的色譜技術。它通過采用強極性固定性，并且結合高比例有機相/低比例水相組成的流動相來實現這一目的。而這樣的流動相組成尤其有利于提高電噴霧離子化質譜的靈敏度。
離子色譜柱的分離機制：
分離機理在目前還存在著爭議，主要包括以下三個方面：
(1)分配機理
(2)離子交換
(3)偶極-偶極相互作用。更多的試驗現象則表明HILIC色譜柱的保留機理包含氫鍵作用、偶極作用和靜電作用等多種次級效應，很難將其區分開來。
影響離子色譜柱保留的主要因素：
普遍認為色譜柱保留行為受到多種參數的影響，如固定相的官能團、有機改性劑的含量、流速、柱溫、流動相緩沖體系的pH值、緩沖鹽的種類和濃度。
影響樣品在固定相上的保留行為的主要因素都是流動相中有機相的比例，例如乙腈的含量的增加會顯著增加樣品的保留因子。在色譜柱分離模式中，溶劑洗脫能力由弱到強為：丙酮<乙腈<異丙醇<乙醇<甲醇<水, 流動相中水是較強的洗脫溶劑。一般采用乙腈-水體系作為流動相，其中水相的比例為5%-40%以保證其顯著的親水作用。將流動相中的水相用甲醇、乙醇、異丙醇代替，隨著流動相極性的減小，待測物在柱上的保留就會增強。
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