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傳統固相萃取儀比較與傳統的固相萃取儀(SPE)技術相比，自動化磁性固相萃取儀具有多種優勢。
(1)磁性吸附劑通常為納米級材料，相比于傳統填充柱材料，納米粒子的比表面積更大、擴散距離更短，所以較少量的吸附劑和較短的平衡時間里就可以實現萃取分離，因此具有較高的萃取能力和萃取效率;
(2)MSPE分離過程中，只需要一個外部磁場即可實現相互分離，操作簡單、省時，避免了傳統SPE過程中的離心過濾、樣品.上樣等耗時問題，且在處理復雜基質樣品時，也不會存在SPE過程中常見的柱堵塞的問題;
(3)磁性吸附劑經不同的功能化修飾，可實現對分析物的選擇性萃取，經適當的潤洗之后還可以循環使用，節約分析成本。
在食品檢測中的應用近幾年來， MSPE的應用發展非常迅速，在分子生物、環境檢測、材料科學、食品檢測等諸多領域都展示了其應用前景。
在食品檢測領域中，自動化磁性固相萃取儀用于食品檢測涉及的食品基質包括油脂、牛奶、蜂蜜、飲料、肉制品、糧食加工品、蔬菜、茶葉等樣品，所萃取的對象則包括各種重金屬離子、農藥殘留、獸藥殘留、合成色素、非食用色素、其他化學污染物(鄰苯二甲酸酯、多環芳烴等)等，均取得了不錯的效果。
自動化磁性固相萃取儀在各種復雜樣品前處理的應用中確實顯示出了良好的應用潛力，但由于發展時間較短，仍存在許多不足之處，比如現有的磁性納米粒子材料種類偏少，功能化修飾后某些磁性材料的磁性減退甚至消失會造成回收不好，實際應用裝置不完善等問題都使得MSPE離高通量、大規模應用還有一段距離。所以，分析化學工作者們尚需要從以下幾方面繼續開展研究:
(1) 合成更多有用的功能化磁性微納米粒子，以滿足復雜多樣的樣品前處理體系的需要，特別是設計合成對復雜基質中目標分析物具有專一吸附能力的磁性材料;
(2)設計開發新型MSPE實際應用裝置，提高其自動化水平，以改善其應用環境，進而擴展其應用范圍;
(3)與現有的其他萃取技術相結合，開發更高效的前處理模式;
(4)與現有的檢測儀器聯用，發展在線磁性固相萃取儀( on-line MSPE)技術，以提高其處理效率
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