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DNA離心濃縮儀工作原理就是采用離心機、真空和加熱相結合的方法，在真空狀態下離心樣品，并通過超低溫的冷阱捕捉溶劑，從而將溶劑快速蒸發達到濃縮或干燥樣品的目的。濃縮干燥樣品的原理即是通過制造真空環境來降低溶劑沸點、使得溶劑變得容易蒸發，所以，真空泵的選擇是*的，選擇合適的真空泵對實驗效率、樣品活性、經費都是一個很大的影響。利用真空泵在濃縮儀內形成真空，儀器內氣壓降低，從而使樣品的溶劑沸點降低，溶劑能夠在低溫下沸騰蒸發；另外能夠在儀器腔體內增加一定的熱量，從而提高蒸發速率，但是不會對樣品的溫度產生影響，樣品自身溫度不會升高；樣品在適宜的離心轉速下會產生少量的離心力，這個離心力防止了由于樣品爆沸而產生的損失，同時也避免了由于加熱和離心引起的離心管內產生大量泡沫的現象。離心濃縮后的樣品可方便地用于各種定性和定量分析。
在后期進行生物樣本的檢測時，例如使用電泳、氣象色譜、高效液相色譜、質譜等方法，對于樣本的濃度需求較高的實驗中，都可以采用真空離心濃縮的方法獲得高濃度的樣本用于上樣。而真空離心濃縮特別適合較敏感的生物樣本，例如蛋白質、核酸等物質。因此，DNA離心濃縮儀的主要目的是獲得高濃度的樣品而不會產生交叉污染、樣品丟失、樣品變性、樣品活性降低或氧化等問題。
DNA離心濃縮儀技術融合了離心、抽真空和熱量三種因素，可同時處理多個樣品而不會導致交叉污染。冷阱能有效捕捉大部分對真空泵有損害的溶劑蒸氣，對高真空油泵提供有效的保護。真空泵使系統處于真空狀態，降低溶劑的沸點，加快溶劑的蒸發速率。
離心：產生離心力，防止爆沸及樣品的損失。干燥后的溶質*沉積在容器的底部，便于樣品的*回收。
熱量：加速樣品的蒸發速率。在沒有外來熱量的狀態下，水溶液會在濃縮過程中結冰，本設備采用輻射加熱技術，彌補蒸發時的熱量損耗。熱輻射是真空狀態下給樣品加熱的較有效方式。
抽真空：加速溶劑在濃縮儀中的蒸發。在濃縮過程中，樣品始終處于一種低于室溫的環境，可以防止熱敏感樣品的部分失活。此外，真空狀態還能防止樣品的氧化。
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