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紅外顯微鏡是將紅外光譜儀與光學顯微鏡聯用的系統。主要由紅外主機、顯微鏡系統和計算機組成。由于其精密性，多采用干涉原理，主要部件包括干涉儀、顯微鏡光學系統、檢測器等。
由紅外光源發出的光經分束器分為兩束光，一束由動鏡經分束器反射到樣品后進入檢測器;另一束由定鏡反射經分束器、樣品后到檢測器，兩束光作用于樣品，并在檢測器處發生干涉。
干涉儀將光源來的信號經過樣品后以干涉圖的形式送往計算機進行傅里葉變換的數學處理，后將干涉圖還原為光譜圖。
下面讓我們來了解一下紅外顯微鏡的工作原理：
樣品放置在紅外顯微鏡的載物臺上，光譜儀產生光束射向并聚焦到待測樣品，可以進行上下高度的光路聚焦。
通過調節載物臺X軸和Y軸以及調節光柵，可以確定測試的樣品以及樣品中不同的微區。紅外顯微鏡測量出顆粒的光譜反射光束，從而對樣品進行點、線、面的分子水平的掃描，可以快速、自動獲得大量的紅外光譜圖，并把測量點的坐標與對應的紅外光譜同時存入計算機。
經過一定的數據處理便得到不同化學官能團及化合物在微區分布的三維立體圖或平面圖，并以彩色圖像的形式顯示在屏幕上。
不同顏色代表該區域某一基團的吸光度不同。通過成分圖像分析，可以獲得樣品的空間分辨紅外譜圖和某一微小區域內成分圖像，從而可以分析樣品在各掃描微區的組分及結構特征，因此可以表征樣品的結構、官能團的空間分布及其變化等。
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