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紅外顯微鏡隨著計算機技術和多媒體圖視功能的運用得以迅速發展，其應用的領域也越來越廣泛。
目前，紅外顯微鏡已經運用到生物醫學、微生物學、法庭科學、材料學、營養飼料學以及農產品質量檢測等研究中，下面讓我們一起來詳細的了解一下這些應用吧。
1、生物醫學中的應用
腫瘤是嚴重威脅人類健康和生命的疾病，盡管目前腫瘤診斷技術(內窺鏡技術、影象技術和腫瘤標志物檢查技術等)迅速發展，但Z終還是依賴于形態學的診斷來確定腫瘤的性質，分化程度及預后等。
由此導致對腫瘤診斷存在一定的主觀性，而紅外顯微鏡是一種準確、高效、客觀的儀器，為腫瘤診斷技術提供了一條良好的途徑。
紅外顯微鏡能夠在分子水平上反映組織中生物大分子結構組成及官能團振動方式的改變。分子水平上的變化一般早于細胞形態學方面的變化和機體癥狀的出現，所以這種變化可提供非常有意義的信息。
紅外顯微鏡在生物醫學上的鑒別診斷研究還處于探索階段，主要是通過各吸收峰的峰形、峰位和峰強的比較來實現的，尚缺少更客觀的量化標準。
隨著研究的逐步深人，病例及研究數據的不斷積累完善，計算機輔助解析方法的進一步發展，化學計量學方法的合理應用，該方法有望成為醫學早期診斷的輔助方法。
2、微生物學中的應用
由于人類念珠菌病與念珠菌屬酵母菌多樣性的不斷增加，因此對其早期的識別和診斷是不可少的，紅外顯微鏡的使用，有利于降低與念珠菌感染相關的發病率和死亡率。
3、法庭科學上的應用
紅外顯微鏡已成為法庭科學領域進行比對分析的主要儀器之一，廣泛應用于刑事案件、交通肇事等有關物證分析，為偵察工作提供線索，為法庭審判提供佐證。其中包括油漆、塑料與橡膠、油墨、指紋、油畫等證物的鑒定與分析。
紅外顯微鏡還可以用于對古代油畫的成分分析，將油畫藝術品的橫斷面進行紅外成像，依據不同區域的特征官能團的分布，定性的判斷每層油畫顏料成分，這一方法為藝術品真跡和贗品的鑒定開辟了一條新的道路。
4、材料學中的應用
雖然各種材料有其固定的表面形態，但其內部組成不同、所含特征基團不同，引起紅外光譜的特征不同。因此，通過峰位、峰強度進行特征峰的指認和歸屬，可將各種不同的材料區分開來。
紅外顯微鏡在材料學檢測中有非常*的優勢，其應用也非常廣泛，但目前還處在一個低層次應用階段。目前紡織纖維多組分分析、紡織品中有害金屬的鑒定以及材料中的各種添加劑的檢測都無法進行，這主要是由于紅外顯微鏡的放大倍數和分辨率不夠高等原因導致的，限制了紅外顯微成像技術的應用。相信隨著紅外顯微鏡的不斷普及、性能的提高及化學計量學的發展，紅外顯微成像技術必將在材料學檢測分析中得到更加充分的應用。
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