一、生理干旱。土壤可溶性鹽含量過高，滲透勢增大，土壤水勢降低。根據從高水勢到低水勢的水流原理，根系細胞的水勢必須低于周圍介質的水勢才能吸收水分，因此土壤鹽分越多，吸水難度越大，甚至體內的水分也有滲透的危險。因此，鹽害的一般表現實際上是一種干旱損害，尤其是在大氣相對濕度較低的情況下，隨著蒸騰作用的增加，鹽害更加嚴重。

二、離子的毒性作用。植物吸收過多的鹽而排除其他營養物質的吸收。當然，單鹽的毒性可以通過離子對抗消除，鹽的損害也會發生。它是由于生理干旱引起的過量鹽，或者是鹽的直接作用，如果是滲透勢關系，那么各種溶質的作用是一個，如果是鹽的直接危害，不同的溶質會有不同的作用。

三、 破壞正常的新陳代謝。過量的鹽分會抑制葉綠素的合成和光合機構中各種酶的發生，特別是影響葉綠蛋白的形成。在大多數情況下，過量鹽分對呼吸的影響會減弱，一些植物會增加鹽分來改善呼吸。雖然過量鹽分對光合作用和呼吸的影響并不一致，但總的趨勢是呼吸消耗高，凈光合速率低，不利于生長。

土壤鹽分的增加與人們的施肥習慣密切相關。有些農民急于改善土壤堿性施用量，造成土壤鹽分劇增，但破壞土壤；土壤鹽漬化應通過施用腐植酸或黃腐酸肥從根本上解決土壤鹽漬化問題，才能真正使土壤恢復健康。