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疏水色譜柱能夠有效分離抗體的結構同分異構體。在抗體藥物中，對于一些由于等電點相同而無法通過離子交換色譜法實現分離的，但表面疏水性有差異的結構同分異構體、或多聚體，可以考慮使用疏水色譜法來進行分析。并且疏水色譜法也可以用于抗體降解產物的分析。
疏水色譜柱安裝的正確步驟如下：
1、使用新鮮潔凈的水與乙腈。沖洗系統，確保系統干凈，不含任何緩沖鹽和污染物。
2、取用色譜柱時避免磕碰掉落。
3、將疏水色譜柱入口端連接到系統上，柱出口端先不要連接，色譜柱身上有箭頭標明正確流向。
4、在0.1mL/min流速條件下用純乙腈潤洗色譜柱，然后在2分鐘內將流速升至0.5mL/min。
5、當溶劑均勻的從柱出口端流出，停流速，將色譜柱出口端接到系統檢測器上（這樣可以避免氣泡進入檢測系統，并且可快速達到基線平衡）。
6、重啟流速，按照步驟4的方法逐漸提高流速，至常規分析時所使用的流速。
7、參考柱效測試報告中的方法，使用該流動相條件平衡色譜柱，通常需要使用5-10倍柱體積的流動相，直至壓力與基線穩定。
8、測試疏水色譜柱柱效。如果沒有柱效測試報告中的分析物，請廠家部門尋求支持，使用合適的濃度與進樣量。柱效結果略低于柱效測試報告屬正常情況。如結果明顯偏低、峰形拖尾，提示色譜柱和/或所使用的液相系統處于非理想狀態，需要進行故障排查。當使用2.1mm內徑色譜柱時，建議優化系統以減少譜帶展寬，包括：使用檢測器微量流通池，減少進樣器loop環體積，使用較小內徑（如0.005''或0.12mm）的系統管路。并確保管路與疏水色譜柱連接恰當、無死體積。
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