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AB創新性串聯質譜儀的MS-MS屬于時間串聯型，它的操作方式，在A階段，打開電子門此時基礎電壓置于低質量的截止值，使所有的離子被阱集,然后利用輔助射頻電壓拋射掉所有高于被分析母離子的離子。
進入B階段，增加基頻電壓，拋射掉所有低于被分析母離子的離子。以阱集即將碰撞活化的離子。
在C階段，利用加在端電極上的輔助射頻電壓激發母離子，使其與阱內本底氣體碰撞，在D階段，掃描基頻電壓,拋射并接收所有CID過程形成的子離子，獲得子離子譜。
以此類推,可以進行多級MS分析。由離子阱的工作原理可以知道，它的MS-MS功能主要是多級子離子譜，利用計算機處理軟件，還可以提供母離子譜,中性丟失譜和多反應監測（MRM）。
AB創新性串聯質譜儀的日常維護：
流動相的維護
每星期定期更換流動相，清洗流動相過濾泵頭和管路，保持整個液相系統的清潔。
清洗六通閥
在測試過程中六通閥充當切換流量的重要角色，且其孔徑非常微小，容易堵塞；若不及時清洗六通閥，則易造成小堵不清，大堵難清的后果。一般情況三個月維護一次即可,若六通閥部分壓力明顯偏高，則應立即維護。
清洗質譜的離子源
樣品在經過噴針進入離子源時，在其孔徑周圍表面會殘留，經過長時間的積累便容易形成污垢，不及時清理則可能影響質譜響應，并且可能進一步污染后端的四級桿，這將增加后續清理維護難度和成本。所以應該每周清洗一次。
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