為了使儀器在正常使用條件下，保持它的有效性能，除了必須使用恰當外，還必須注意加強維護保養，現就維護保養問題提出下列幾點要求（僅供參考）。
（1）儀器應貯放在空氣流通和較干燥的地方，避免過冷過熱和接觸腐蝕性氣體，不能與化學用品（干燥劑除外）同時貯放于同一地方。使用后宜用罩子遮蓋并抹擦干凈。不用時，要及時移走試樣（玻片），用擦鏡紙擦拭鏡頭，并將鏡頭轉成八字式，同時下降鏡筒固定，以免物鏡鏡頭與集光器上的透鏡相擊而受損。再將顯微鏡裝放入木箱內，放置在干燥、通風處。在可能條件下，最好每隔一定的時間，選擇天氣好的日子，將儀器和附件從木箱中取出，一起在室內寬敞、干燥、空氣流通的地方，作兩、三小時的室內晾曝。在高溫天氣作業完畢后，應注意貯放地點的溫度，如溫差懸殊，用畢后即收藏會在儀器上面產生濕氣，容易使儀器發潮損壞。
　　（2）使用后應給目鏡斜管蓋上防塵蓋子，如沒有防塵蓋子亦應套上目鏡，以免灰塵落入斜管內，影響鏡座光具的清潔。
　　（3）不宜隨便拆卸和揩抹光學系統內部的半反射鏡。除此之外，在透鏡或玻璃表面不慎接觸油污塵垢，可用細潔亞麻布或潔凈脫脂棉花，沾少許二甲苯拭除（但不能用酒精，以免浸入透鏡內層影響質量），由鏡頭中心向外旋轉擦拭，并用擦鏡紙或軟綢布輕輕拭凈，否則易于脫膠，或模糊而影響檢測效果。如只是沾上灰塵，可用橡皮小吹風球把灰塵吹掉（不可用口吹），或用軟毛筆或用細木棒卷上棉花，輕輕擦除之。鏡頭表面鍍有一層蘭透光膜，不要誤作污物擦拭，禁止用金屬工具來代替棉簽進行擦拭。
　　（4）使用油浸系物鏡后，必須立即采用上述方法把油垢除去，抹擦干凈，抹時千萬小心，特別注意不能按壓鏡面，否則容易使透鏡脫離鏡座。
　　（5）儀器長期使用后，粗動滑板部分及載物臺滑動部分可能出現油脂不足或干涸現象，此時應及時添加潤滑油脂。粗（微）動機構宜用流動性油脂，載物臺滑動部分宜用有適當粘度的（但注意不能含有酸性）油脂。
　　（6）非不得已不應隨便拆卸齒輪箱內部。如損壞時，必須請有經驗的人修理，以免損壞機件。