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雖然其他技術可以測量任一細胞因子，轉錄因子，或另外的磷酸化蛋白質，細胞內流式細胞儀可以測量多個細胞內標記同時上面的singlecell電平。這種方法提供了數據信號反應，分化狀態，和其他細胞活動。特定的細胞表面和細胞內標記物的熒光抗體的結合使用使高分辨率的樣本之間的多種細胞類型內的表型和功能的差異比較分析。
在所示的例子中，從人全血中的細胞進行分析的Stat5的磷酸化誘導的IL-2刺激。確定了使用不同人群的天真，效應和記憶性T細胞表型標記。除了 細胞表面標志物，表型分析中T-bet，簽名參與γ-干擾素的產生，和已知的表達在NK細胞，CD8 +效應T細胞的轉錄因子的幫助下，CD4 + T輔助細胞1（Th1細胞）細胞。1,2
在這個實驗中，在IL-2的靈敏度的差異，觀察在不同類型的細胞。例如，Th1細胞等和非Th1細胞效應/記憶CD4 + T細胞亞群（種群F和E，分別）與非常低濃度的IL-2的刺激，中藥標準對照品網整理提供而幼稚的CD4 + T細胞（人口D）和幼稚CD8 T細胞（人口）需要更高劑量的IL-2誘導STAT5磷酸化。
人全血刺激后不同濃度的人重組IL-2（0.05?100毫微克/毫升）15分鐘。細胞固定BD Phosflow?裂解/修復緩沖區，通透與BD Phosflow的燙發緩沖III，染色，熒光抗體具體CD3，CD4，CD45RA，，和Stat5（pY694）。使用BD LSR II流式細胞儀系統用Cytobank軟件樣品進行了分析。T細胞亞群被確定，如圖所示。
同時測量多個轉錄因子，細胞因子，和在同一個樣品的細胞表面標志物的表達水平的T輔助細胞（Th）細胞的分化和功能的研究是非常有用的。RORγt的簽名Th17細胞的轉錄因子。重要的是為1,2分泌的IL-17和維持CD4 + CD8 +雙陽性胸腺細胞。
所示的實驗結果，從BALB / c小鼠胸腺和脾臟細胞中分離。胸腺細胞或脾細胞表面熒光抗體染色，具體CD62L，CD44，CD196，或適當的免疫球蛋白同型對照。細胞固定和透BD Pharmingen公司的轉錄因子的緩沖液設置和RORγt的，Foxp3的，IL-17特異的熒光抗體染色，然后在細胞內，和IFN-γ。
頂部面板中的細胞表達IL-17A較RORγt的表達，調節性T細胞的轉錄因子Foxp3（上）和IFN-γ（Th1細胞因子）。正如預期的那樣在胸腺細胞，有許多IL-17A +RORγt的+雙陽性細胞，而基本上沒有共表達Foxp3的或IFN-γ與IL-17A。脾細胞表達IL-17A很少。
底部面板中的（B），進一步的分析表明，從脾臟表達的IL-17產生細胞的表面標志物CD44和CD196（CCR6），但不是CD62L，IL-17 +細胞的表型，提供額外的信息。
胸腺細胞或脾細胞表面熒光抗體染色，具體CD62L，CD44，CD196，或適當的免疫球蛋白同型對照。細胞被固定和透BD Pharmingen公司轉錄因子緩沖器組，然后在細胞內染色RORγt的，Foxp3的，IL-17和IFN-γ。中藥標準對照品網整理提供
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