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清水型水生微生物主要是那些能生長于有機物質含量低的潔凈的湖泊和水庫中的化能自養型或光能自養型微生物。能在低營養條件下生長。如硫細菌、鐵細菌和球衣細菌等，對氧的要求也低。一般為水體中固有的微生物。還有能進行光合作用的藍細菌和綠硫細菌、紫硫細菌等，僅從水域中獲取無機物質或少量有機物質作為營養。少量異養微生物也能生長，但屬于只在低濃度(115mgL有機物質的培養環境中生長的貧營養細菌或稱寡營養細菌(oligotrophbacteria如寡養土壤單胞菌(Agromonaoligotrophica就可在小于1mgL培養基上正常生長。色桿菌屬、無色桿菌屬和微球菌能在含氮量極少的水域生長；柄桿菌(Caulobactsp.也能在低營養水域中生長。單細胞和絲狀的藻類也可在清潔的水中生活，綠藻、硅藻和裸藻是罕見的種類。清水型水生微生物中還有原生動物，罕見的有鞭毛蟲類和纖毛蟲類，以水中浮游植物和細菌為食，使生活的水體變得更清潔。
某些腸道微生物(包括腸道病原微生物)清潔的自然水體中一般不能臨時生存，常受水體類型、層次、季節、污染情況等各種因素的影響。淡水區域的自然環境多靠近陸地。但也有很多微生物由于不能適應寡營養水體環境而死亡。有的甚至只能存活幾天。清潔淡水水體細菌總數一般為每毫升只有幾十至幾百個。腐生型水生微生物 指在含有大量外來有機物的水體中生長的微生物。的有機殘體，動物和人類排泄物，生活污水和工業有機廢物、廢水大量進入水體，引起水質。由于有機物和無機鹽的濃度大大增加，致使水中微生物和原生動物等大量發育繁殖，這類微生物主要為各種腸道桿菌、芽孢桿菌、螺菌和弧菌等，原生動物有纖毛蟲類、鞭毛蟲類和肉足蟲類。藍細菌和藻類在腐生型水體中也大量繁殖，形成有機質豐富的微環境，從而使腐生型細菌也隨之大量繁殖。
微生物在水體中的分布和數量由于水體環境的不同而不同。因此，淡水中的微生物主要來源于土壤、空氣、工業生產廢棄物、廢水及生活污水、人和動物的排泄物以及死亡的動植物尸體等。事實上，土壤中所有細菌、放線菌和大部分真菌，水中幾乎都能找到并且成為淡水中的固有種。
大氣水和雨雪僅為空氣塵埃所攜帶的微生物所污染。尤其在長時間降雨過程的后期，數量不高。菌數較少甚至可達無菌狀態。高山積雪中也很少。主要有各種細菌和放線菌及真菌的孢子。
因此鄉村下游河水中的微生物無論在數量上還是種類上都要比上游河水中的豐富得多。河水中藻類、細菌和原生動物等都有存在一般1mL腐生型水中細菌數目可多達幾千萬甚至幾億個。細菌種類上主要是芽孢桿菌屬、梭菌屬、變形菌屬、大腸桿菌、糞鏈球菌(Streptococcufaecali和弧菌(Vibrisp．)螺菌(Spiriliumsp．)另外還有大量酵母菌。流動的江河流水中微生物的種類與流經接觸的土壤和是否流經鄉村密切相關。河水流經鄉村時可由于大量的鄉村污水、污物進入河流而有大量的微生物進入河水。
池塘水一般由于靠近村舍。且受人畜糞便污染，有機物進入量較豐富。因此往往有大量腐生型細菌、藻類、原生動物生存和繁殖。水體表層常有好氧細菌生長和單細胞或絲狀藻類繁殖，而在下層和底泥層則常有厭氧或兼性厭氧細菌分布，如脫硫弧菌屬、甲烷桿菌屬(Methanobacterium和甲烷球菌屬(Methanococcu以及鞘細菌。
湖泊中的微生物分布與池塘中的相類似。但在大型湖泊中。致使微生物的分布在各部分水體中有所差異。一般沿岸水域中的微生物要比湖泊中心水域中的微生物豐富得多、活性也高。自養細菌是許多湖泊的土著微生物，由于水體不流動性和污染物分布不均勻。這些微生物對于湖泊的營養物循環起著非常重要的作用。湖泊中常見的自養細菌是藍細菌和紫色、綠色光合細菌，藍細菌主要為微囊藻和魚腥藻，淡水生境中主要的水生微生物。湖泊中化能自養菌在氮、硫和鐵循環中起著重要的作用，特別是硝化單胞菌、硝化桿菌和硫桿菌在淡水微生物群落中是重要的成員。
湖泊中。如光穿透、溫度和氧氣濃度等，由于在垂直方向上許多非生物因素的差別。使細菌分布有很大的不同。接近湖面的地方，光穿透有利于藍細菌的光能自養代謝，通常藍細菌數目很高，更深地方的藍細菌則為外來微生物。湖泊較深的地方，因氧氣濃度很小，存在足夠的H2S并且還有足夠的光穿透，故生活有厭氧的營光能自養生活的綠菌科(Chlorobiacea和紅硫菌科(Chromatiacea從湖面到湖底都有異養細菌的分布，但是以有機物濃度高的地方數量為多。湖底堆積泥外表厭氧光能自養細菌的生活，使水體出現特征性的顏色，堆積泥表面上的一些植物碎片上生長有降解纖維素的真菌，能進行厭氧呼吸的細菌也是堆積泥表面的主要微生物，其中的假單胞菌能進行反硝化作用。堆積泥中生活的微生物主要是專性厭氧細菌，包括梭狀芽孢桿菌、產甲烷細菌和發生硫化氫的脫硫弧菌。湖泊中真菌種屬常因可利用的有機物和其他因素的變化而發生變化。河流和湖泊中的植物殘體上經常可以找到子囊菌和半知菌。當這些植物殘體被降解后，有關的真菌便消失。河流、溪流和湖泊中常見的酵母菌有球擬酵母屬(Torulopsi假絲酵母屬、紅酵母屬(Rhodotorula和隱球酵母屬(Cryptococcu發酵的能力很差。
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