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毛細管電泳儀分析對進樣技術要求很高，進樣操作事項如下：
1.進樣區帶越小越好：無論采用何種進樣方式，毛細管插入樣品溶液的深度一般要少于毛細管總長度的1%～2%，以盡量減少樣品溶液經毛細吸附進入毛細管而影響進樣量的性。樣品管中溶液少為5μL，進樣體積為1～50nL。
2.進樣時間以短為宜：通常進樣時間為0.5～1s，此時毛細管粘附的樣品量相對于吸入的體積可忽略不計。雖然毛細管電泳的進樣時間可至±0.1s，但由于毛細管插入樣品管時不可避免地會粘附一些溶液，進樣時間過短會影響分析的重復性。
3.樣品預濃縮：受毛細管內總體積的制約，對于濃度很稀的樣品，毛細管電泳不能象HPLC那樣可加大進樣量來提高檢測靈敏度，但可采取一些措施來改善。
毛細管電泳儀峰面積重現性的因素及解決辦法：
1.溫度變化。
原因與結果：改變粘度和進樣量。
解決辦法：毛細管恒溫。
2.樣品蒸發。
原因與結果：增加樣品濃度。
解決辦法：加蓋和冷卻自動進樣器。
3.樣品過載。
原因與結果：額外進樣。
解決辦法：使用進樣端平滑的毛細管。
4.毛細管插入樣品引起零進樣。
原因與結果：額外進樣。
解決辦法：不能消除，但能量化。
5.毛細管電泳儀分壁吸附樣品。
原因與結果：峰形畸變無樣品流出。
解決辦法：改變緩沖液pH值，增加濃度，使用添加劑。
6.信噪比低。
原因與結果：積分誤差。
解決辦法：優化積分參數，增加樣品濃度，用峰高測定。
7.電動進樣。
原因與結果：樣品基質不同。
解決辦法：采用壓力進樣。
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