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使用超景深顯微鏡可能會有很多誤區，雖然操作不會很麻煩，但是很多細節方面不容忽視，否則會影響使用的結果，總結了以下初用超景深顯微鏡可能會發生的一些不規范的操作，以及對錯誤的方法進行糾正。
1）取送超景深顯微鏡時，一只手提著顯微鏡鏡臂
正確方法：右手握鏡臂、左手托鏡座。
2）取下反光鏡和目鏡亂照亂摸
正確方法：取下后不允許這樣做，直接放著。
3）安放、更換目鏡不及時、迅速
正確方法：一手取下鏡頭蓋或目鏡時，另一手跟著安放目鏡。
4）安放、更換目鏡時，用手指捏著透鏡
正確方法：用食指、拇指捏著目鏡鏡筒的上半部分。
5）借助物鏡鏡頭轉動轉換器
正確方法：用食指和拇指捏著轉換器的旋轉盤轉換物鏡。
6）用手指揩擦透鏡
正確方法：用鏡頭紙朝一個方向擦拭，不讓手指觸到透鏡。
7）順時針方向轉動粗準焦螺旋時，超景深顯微鏡未注意鏡頭與玻片之間距離
正確方法：下降鏡筒時，眼睛在一側注視物鏡與玻片之間距離;左眼向目鏡內觀察時，鏡筒只許上升。
8）實驗小組間調換目鏡觀察
正確方法：每一臺顯微鏡的鏡頭是配套的，不準調換使用。
9）喜愛使用傾斜關節
正確方法：中學生一般不需使用，即使使用，傾斜角度也不能大。
10）顯微鏡對好光后，挪動顯微鏡
正確方法：對好光后，不要隨便挪動，挪動后須重新對光;在幾個學生使用一臺顯微鏡時，要人動顯微鏡不動）。
11）實驗完畢，直接將超景深顯微鏡放進鏡箱
正確方法：使用完畢，應用絨布和鏡頭紙分別把顯微鏡的各部件、鏡頭擦拭干凈，蓋上鏡頭蓋，并轉動轉換器，使兩個物鏡偏于兩旁，讓顯微鏡處于“休息”狀態，再放進鏡箱。
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