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磷是包括微生物在內的所有生命體中*的元素。在生物大分子核酸、高能量化合物ATP、以及生物體內糖代謝的某些中間體中，都有磷的存在。在自然界中，磷的循環包括可溶性無機磷的同化、有機磷的礦化、不溶性磷的溶解等。可溶性的無機磷化物被微生物吸收后合成有機磷化物，成為生命物質結構組分（同化作用）。在土壤中，許多的細菌、放線菌和霉菌等含有植酸酶和磷酸酶，能夠將含磷的有機物分解（異化作用），產生的無機磷化物可被植物吸收利用。土壤中的磷酸或可溶性的磷酸鹽與土壤中的一些鹽基結合，形成不溶性的磷酸鹽。在天然水體中，大部分的磷存在于水下的沉積物中。不過，生活在土壤和水體中的一些微生物，通過代謝產生的硝酸、硫酸和有機酸又可將不溶性的磷酸鹽溶解，從而使自然界中的磷素循環周而復始的不斷進行。應當指出，如果人類活動將含磷物質大量排放到水環境中，可溶性磷酸鹽濃度過高會造成藍細菌及其它藻類大量增殖，即常說的富營養化作用，從而破壞環境的生態平衡。
大氣中通常沒有磷，磷是隨著水循環，由陸地到海洋，而磷從海洋返回到陸地則是比較困難的，因此磷循環是不*循環。磷循環是典型的沉積型循環。磷的主要貯庫是巖石和天然的磷酸鹽沉積。由于風化、侵蝕和淋洗作用，磷從巖石和天然沉積中被釋放出來，供植物吸收利用，再通過食物鏈傳遞給動物和微生物。動植物殘體被微生物分解后還原為無機磷，其中一部分被植物吸收利用，構成循環，另一部分則流入江河湖泊和海洋。進入水體的磷可為動植物吸收利用，動植物排出的磷一部分沉積于淺層水底，一部分沉積于深層水底。以鈣鹽形式沉積于深海中的磷將長期沉積，暫時退出磷循環
自然界的磷循環的基本過程是：巖石和土壤中的磷酸鹽由于風化和淋溶作用進入河流，然后輸入海洋并沉積于海底，直到地質活動使它們暴露于水面，再次參加循環。這一循環需若干萬 年才能完成。磷循環的循環形式是磷肥被莊稼吸收---->人動物吃莊稼----->人動物死了埋在地里體內的磷變成磷肥
在這一循環中，存在兩個局部的小循環，即陸地生態系統中的磷循環和水生生態系統中的磷循環。人類開采磷礦石，制造和使用磷肥、農藥和洗滌劑，以及排放含磷的工業廢水和生活污水，都對自然界的磷循環發生影響。自然界磷的分布、磷的流動和交換見表1和表2。 陸地生態系統的磷循環 巖石的風化向土壤提供了磷。植物通過根系從土壤中吸收磷酸鹽。動物以植物為食物而得到磷。動、植物死亡后，殘體分解，磷又回到土壤中。在未受人為干擾的陸地生態系統中，土壤和有機體之間幾乎是一個封閉循環系統，磷的損失是很少的磷灰石構成了磷的巨大儲備庫，而含磷灰石巖石的風化，又將大量磷酸鹽轉交給了陸地上的生態系統。與水循環同時發生的則是大量磷酸鹽被淋洗并被帶入海洋。在海洋中，它們使近海
岸水中的磷含量增加，并供給浮游生物及其消費者的需要。而后，進入食物鏈的磷將隨該食物鏈上死亡的生物尸體沉入海洋深處，其中一部分將沉積在不深的泥沙中，而且還將被海洋生態系統重新取回利用。埋藏于深處沉積巖中的磷酸鹽，其中有很大一部分將凝結成磷酸鹽結核，保存在深水之中。一些磷酸鹽還可能與SiO2 凝結在一起而轉變成硅藻的結皮沉積層，這些沉積層組成了巨大的磷酸鹽礦床。通過海鳥和人類的捕撈活動可使一部分磷返回陸地。但從數量上比起來，每年從巖層中溶解出來的以及從肥料中淋洗出來的磷酸鹽要少多了。其余部分則將被埋存于深處的沉積物內。
人類大量應用磷，會造成水體富營養化污染，使水質嚴重惡化，對生態平衡造破壞。現在洗衣粉無磷化就是出于這方面的考慮。人類活動對磷循環的影響過量的有機磷的排放形成污染：如赤潮！
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