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微生物環境監測是測量代表環境質量的各種指標數據的過程，它包括環境分析，物理測量和生物監測。所謂的生物監測是利用生物體對環境污染的各種信息作為判斷環境污染的一種手段。生物在自然界中長期生存，不僅可以反映多因素污染的綜合影響，還可以反映環境污染的歷史條件。因此，生物監測可以彌補理化分析和測試的不足。特別地，微生物具有*的特征并且與環境密切相關。因此，微生物學方法在生物學監測中占有特殊的地位。
1、微生物環境監測糞便污染指示劑細菌
糞便污染指示劑細菌的存在是水體中糞便污染的指示劑。根據對正常人糞便中微生物的分析和測量結果，認為以大腸菌和糞鏈球菌為指標更合適，前者使用更廣泛。
大腸菌群是指與大腸桿菌相似的一大類需氧和兼性厭氧革蘭氏陰性非細菌細菌。它們可以在48小時內發酵乳糖以產生酸和氣體，包括大腸桿菌，檸檬酸桿菌，腸桿菌，克雷伯菌等。確定大腸菌的常用方法有兩種：發酵法和膜濾法。
有兩種表達大腸菌群數量的方法。一種是“大腸菌數量”，也稱為“大腸菌指數”，即1升水中所含大腸菌的數量。第二個是“大腸菌群值”，是指可以檢測到水樣中的1種大腸菌群的小水樣體積（mL）。值越大，水中的大腸菌數量越少。
我國的飲用水衛生標準規定，每1升水中的大腸菌群總數不得超過3個，即大腸菌群的含量不得少于333mL。
2、微生物環境監測水污染指標生物區
普通生物更適合用于清潔水體，但有些生物適合于一定程度的污染水體。在具有不同污染水平的各種水體中，每個都有其自身的生物種類和組成。根據水域中動植物的微生物區系，可以推斷水域的污染狀況，并通過上述檢測確定污水生物區。水體通常分為多個污染區，中等污染區和低污染區。中型臟污帶分為A型中型臟污帶和B型中型臟污帶。
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