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蛋白酶廣泛存在于動物內臟、植物莖葉、果實和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、細菌，其次由酵母、放線菌生產。
催化蛋白質水解的酶類。種類很多，重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。蛋白酶對所作用的反應底物有嚴格的選擇性，一種蛋白酶僅能作用于蛋白質分子中一定的肽鍵，如胰蛋白酶催化水解堿性氨基酸所形成的肽鍵。蛋白酶分布廣，主要存在于人和動物消化道中，在植物和微生物中含量豐富。由于動植物資源有限，工業上生產蛋白酶制劑主要利用枯草桿菌、棲土曲霉等微生物發酵制備。
蛋白酶已廣泛應用在皮革、毛皮、絲綢、醫藥、食品、釀造等方面。皮革工業的脫毛和軟化已大量利用蛋白酶，既節省時間，又改善勞動衛生條件。蛋白酶還可用于蠶絲脫膠、肉類嫩化、酒類澄清。臨床上可作藥用，如用胃蛋白酶治療消化不良，用酸性蛋白酶治療支氣管炎，用憚性蛋白酶治療脈管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶對外科化膿性創口的凈化及胸腔間漿膜粘連的治療，還可用于將組織處理成為單個細胞，進行細胞組織培養。加酶洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含堿性蛋白酶，能去除衣物上的血和蛋白污物，但使用時注意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、濕疹等過敏現象。
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