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三目生物顯微鏡除了雙眼觀察用的兩目，還有一目是用來外接電腦或者數碼相機。三目生物顯微鏡用途相當廣廣泛，常用于生物學、細胞學、組織學、藥物化學等研究所工作，
三目生物顯微鏡的使用說明：
1、將標本切片的放在工作臺上，用切片壓片壓緊。
2、將各倍率物鏡順序裝入物鏡轉換器上，目鏡插入目鏡筒中。
3、觀察時先用低倍物鏡尋找需觀察物，然后將被觀察物移至視場中心，再轉換高倍率物鏡觀察。
4、調焦時一般先用粗調焦旋鈕調節物鏡至能看到標本輪廓，然后再用微調焦旋鈕調節，直至物象清晰時為止。在使用高倍率物鏡時由下而上進行調節，這樣可以避免鏡頭因碰到切片而損壞。
5、轉動反光鏡，使照明光線射入鏡筒，獲得明亮的視物，然后調節光闌的孔徑大小，以便獲得清晰的物象。
三目生物顯微鏡的維護保養：
1、使用完畢后，儀器應裝回木箱，并放在干燥、清潔、通風良好和無酸堿蒸氣的地方。
2、顯微鏡已經過仔細地檢驗和高校，物鏡和目鏡不要自行拆卸，如有任何灰塵，先用吹風球吹去，然后用軟毛刷拂除。油污可用清潔的細布蘸二甲苯擦試。
3、顯微鏡名機械部分如沾附灰塵，也應該將灰塵拂除，然后用干而清潔的軟細布擦試干凈。無漆部分應隨即涂上薄薄一層無腐蝕性的潤滑劑。
4、粗調焦機構如發現太松或太緊時，可用小板手（放置于物鏡盒內）進行調節，順時釷方向為鎖緊，逆時針方向為放松。
5、物鏡用后必須裝入物鏡盒中，以防碰損和沾污。
6、需使用1002物鏡時在鏡頭與切片之間需加少許香柏油，用完后應立即用清潔的軟細布蘸二甲苯將油擦拭干凈。
7、為了防止調時物鏡壓破載玻片，有定位螺釘作限位，但限位螺釘只能限制粗調z低點，當微調下降到一定位置時，物體仍有可能壓到切片，使用時仍需注意。
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