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電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接
以及近使用緩沖液制作的凝膠條和濾紙條搭接，即半干技術，后種方式使裝置簡化，操作也大大方便。
電泳槽分類
圓盤電泳槽：有上，下兩個電泳槽和帶有鉑金電極的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管（玻璃管）的硅橡皮塞。電泳管的內徑早期為5～7mm，為保證冷卻和微量化，現在則越來越細。
垂直板電泳槽：垂直板電泳槽的基本原理和結構與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在兩塊垂直放置的平行玻璃板中間。
水平電泳槽：水平電泳槽的形狀各異，但結構大致相同。一般包括電泳槽基座，冷卻板和電極。
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