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瓊脂糖凝膠是以瓊脂糖為支持介質制備的凝膠。瓊脂糖分為一般瓊脂糖和經化學修飾后熔點降低的低熔點瓊脂糖，瓊脂糖的熔點在62-65°C之間，融化后在37°C下可維持液態數小時，30°C時凝固成膠。多用于對染色體DNA在凝膠內進行原位酶切及DNA的片段回收。瓊脂糖凝膠 由于孔徑大常用于大分子蛋白質、DNA的分離。
瓊脂糖是由瓊脂分離制備的鏈狀多糖，其結構單元是D-半乳糖和3.6-脫水L半乳糖。許多瓊脂糖鏈依氫鍵及其它力的作用使其互相盤繞形成繩狀瓊脂糖束，構成大網孔型凝膠。因此該凝膠適合于免疫復合物、核酸與核蛋白的分離、鑒定及純化。在臨床生化檢驗中常用于LDH、CK等同工酶的檢測。
瓊脂糖凝膠電泳儀的使用步驟：
1、用蒸餾水將制膠工具洗干凈，準備好制膠平板，用瓊脂將模具邊緣封閉， 架好梳子；
2、根據要分離的樣品大小配制合適濃度的瓊脂糖凝膠。準確的稱取一定量的瓊脂糖干粉，加入到合適體積的錐形瓶中，加入一定量的電泳緩沖液，放入到微波爐內加熱融化，冷卻片刻；
3、融化后的瓊脂溶液搖晃混勻，倒入電泳槽中，等其凝固；
4、室溫下凝固30-40min左右，小心的拔出梳子，取出凝固好的凝膠放入電泳槽內，準備上樣；
5、在電泳槽中倒入電泳緩沖液，沒過膠面1mm左右，去除膠孔內的氣泡；
6、上樣，5ulDNA樣品加入1ul上樣緩沖液和染料，用搶混勻后加入到凝膠孔內；
7、上樣結束，接通電源，紅色正極，黑色負極， DNA樣品有負極往正極運動，加樣孔側為負，40-50v電壓，電壓30敏左右即可；
8、電壓結束，關閉電源，凝膠成像儀上觀察電壓位置并比對marker判斷大小。
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