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原核表達系統是一個成熟的系統，常用于研究基因功能。由于原核表達系統存在包涵體蛋白純化困難、蛋白修飾不*等缺陷，人們開始利用真核表達系統來研究基因。
在各種表達系統中，首先采用原核表達系統進行研究，這也是目前成熟的表達系統。該技術的主要方法是將已克隆到目的基因DNA的片段的載體(通常為質粒)轉化到細菌(通常為大腸桿菌)中，通過IPTG誘導和終純化獲得所需的目的蛋白。其優點是可以在短時間內獲得基因表達產物，所需成本相對較低。
但與此同時，原核表達系統仍有許多不可克服的缺點：如常用的表達系統不能調節表達時間和表達水平，某些基因的連續表達可能對宿主細胞造成毒性作用，過度表達可能導致非生理反應，靶蛋白往往以包涵體的形式表達，導致產物純化困難；而且，原核表達系統的翻譯后修飾系統并不完善，表達產物的生物活性較低。為了克服上述缺點，許多學者將原核基因調控系統引入真核基因調控領域。它的優點是：
1.根據原核生物蛋白與靶基因相互作用的高度特異性設計，靶基因與真核基因調控序列基本沒有同源性，因此不存在基因的非特異性激活或抑制
2.能誘導高效基因表達，高達105倍，超越其他系統；
3.它可以嚴格控制基因表達，即既可以控制基因表達的“開關”，又可以人為控制基因表達量
因此，利用真核表達系統表達目的蛋白越來越受到重視。目前，基因工程研究中常用的真核表達系統包括酵母表達系統、昆蟲細胞表達系統和哺乳動物細胞表達系統。
1.根本的區別是，原核表達系統的表達系統是原核細胞；真核表達系統在真核細胞如酵母細胞、昆蟲細胞和哺乳動物細胞中表達。
2.兩種表達系統都通過含有原核或真核啟動子和其他表達相關元件的質粒系統表達外源基因。
3.與真核表達系統相比，原核表達系統的表達效率易于優化和調整，表達量高。然而，當用于表達真核外源基因時，由于不同的蛋白質折疊和糖鏈修飾，其應用受到限制。真核表達系統的表達量相對較低。雖然酵母和昆蟲系統的表達量相對較高，但哺乳動物基因的表達也存在不足。
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