解析干燥也稱二次干燥。在一次干燥結束后，產品內還存在10%左右的水分吸附在干燥物質的毛細管壁和極性基團上，這一部分的水是未被凍結的。為了使產品達到合格的殘余水分含量，必須對產品進一步的干燥。解吸干燥階段中提高制品的允許溫度和維持適當的高真空是制品殘余含水量合格的必要條件。產品的允許溫度視產品的品種而定，一般為25℃～40℃左右，病毒性產品為25℃，細菌性產品為30℃，血清、抗菌素等可高達40℃。 為了改進干燥箱擱板的傳熱，使產品溫度較快地達到允許溫度，以縮短解吸干燥階段時間。要對干燥箱內的真空度進行控制，控制范圍在15～30Pa之間。一般用有限泄漏法對凍干箱內的真空度進行控制。制品凍干后的殘余含水量一般在1～2%以下。解吸階段的時間長短取決于1.產品的品種2. 殘余水分的含量3. 凍干機的性能4. 是否采用壓強控制法。無論一次干燥還是二次干燥都是通過加熱使水蒸氣蒸發，物料質量減少的過程。可以用導熱性能好、適用低溫真空環境的材料作為傳感器元件，放在干燥室內測量物料的質量變化。通過其質量的變化來計算殘余水分的含量。