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在線色譜儀對雜質非常敏感，因此有必要考慮是否在每個使用環節將污染的雜質帶入系統。當外來雜質進入儀器時，會出現兩種異常現象：一種是放射源的表面污染，這將降低放射源的電離能力，降低恒壓模式ECD的直流電壓和基本電流，或增加恒流模式的基本頻率；另一個是雜質會直接捕獲儀器中的電子，從而使基本電流減小或基本頻率增大。這兩個條件都會導致靈敏度降低。因此，在使用過程中，必須始終保持清潔。
長時間使用在線色譜儀后，進樣襯管中將有焦油狀物質，這是由樣品中的非揮發性成分引起的。此外，還會有顆粒狀物質的堆積，這會干擾正常分析。因此，需要定期檢查并及時清潔。應當注意的是，將二氧化硅玻璃棉填充在內襯中不僅可以提高樣品的蒸發效率，而且還可以防止雜質進入色譜柱并造成堵塞。因此，在色譜柱中填充二氧化硅玻璃棉不僅可以提高樣品的蒸發效率，而且還可以防止雜質進入色譜柱并造成堵塞。
1.取下玻璃襯管，并用鑷子或其他小工具小心地除去玻璃棉和襯管中的雜質，并且在去除過程中不要刮擦墊圈的表面。
2.如果條件允許，可以先用超聲波清洗色譜儀的玻璃襯管，然后在干燥后使用。也可以直接用丙酮，甲苯和其他有機溶劑清潔。清洗后的色譜儀可以在干燥后使用。
3.在溶劑中在分光板上進行超聲波處理，干燥后使用。也可以選擇合適的有機溶劑清洗。
4.將板從在線色譜儀的進樣口中取出后，應先用甲苯和其他惰性溶劑清洗，然后再用甲醇和其他酒精溶劑清洗并干燥。
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