超凈工作臺基本原理大致相同,都是將室內空氣經粗過濾器初濾,由離心風機壓入靜壓箱,再經過空氣過濾器精濾,由此送出的潔凈氣流從一定的均勻的斷面風速通過無菌區,從而形成無塵無菌的高潔凈度工作環境.但兩種凈化臺的氣流方向不同,側流式工作臺空氣凈化后的氣流從左或右側通過工作臺面流向對側,也有從上向下或從下鄉上流向對側,都能形成氣流屏障保持工作區無菌.但在凈化氣流和外邊氣體交界處可因氣流的流動出現負壓,使少許未凈化空氣混入,有發生污染的可能.測流式凈化臺結構較為封閉,一般僅留兩個手臂伸入的圓洞,操作和拿取較大物品不夠方便。
超凈工作臺外流式（水平式）是使凈化后的空氣面向操作者流動,因而外方氣流不致混入操作區,但如進行有害物質實驗操作則對操作者不利.水平式凈化工作臺工作多為開放時,沒有防護擋板,雖然操作和拿取物品較為方便,但可能受外界氣流的影響而引起不接空氣混入。
        凈化工作臺是較為精密的儀器,如果使用和維護得當,可以取得良好的效果并可延長使用壽命。
        超凈工作臺主要是用過濾器來凈化空氣的，其過濾器是用一定的使用壽命的，需要定期更換。如果本身工作臺處于較干凈的環境中，如GMP車間內，那更換頻率較低；如果只是普通實驗室，應2年換一次過濾器，以保證其效果。