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單克隆篩選在穩定細胞系構建實驗中，部分外源基因能夠通過細胞質進入細胞核內，并通過分子間重組，整合進宿主細胞染色體，不同外源基因整合位點不同，只有整合到表達區的基因才會表達。
想要獲得穩定表達的細胞株，需要對轉染后得到的細胞池進行陽性克隆篩選，如果想要獲得穩定轉染的單克隆細胞株，還需要進行單克隆篩選。原理：細胞池篩選系統可以分為非基因擴增選擇系統與基因擴增選擇系統兩種。基因擴增選擇系統及GS系統常用。
轉染宿主細胞的質粒帶有某種選擇性標記（例如代謝標記、抗生素標記等），將帶有標記的質粒轉入宿主細胞后，利用選擇性培養基進行篩選，未成功轉染質粒或轉染位點不合適的宿主細胞會因為缺乏選擇標記，無法在選擇培養基上生長而死亡，成功轉染的陽性克隆可以在選擇培養基上生長，從而達到篩選陽性克隆的目的。
在擴增選擇系統中，還會對轉染后的宿主細胞施加相應的選擇壓力，只有外源基因表達水平高的細胞株才可以存活，從而篩選得到高表達的穩定細胞株。單克隆篩選可通過干擾核糖體功能來阻止哺乳動物細胞蛋白質的合成，因此哺乳動物細胞無法在培養基上生長。將帶有抗性基因（抗生素標記）的質粒轉入哺乳動物細胞，如果基因被整合進真核細胞基因組中合適的地方，選擇培養基中正常生長，而沒有成功整合抗性基因的細胞則會死亡，從而達到篩選陽性克隆的目的。
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