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單細胞分選是對細胞（或微粒）的物理、生理、生化、免疫、遺傳、分子生物學性狀及功能狀態等進行定性或定量檢測的一種現代細胞分析技術。
如果對通量要求較高，同時目標細胞有適宜的熒光標記，可利用流式細胞儀完成分選。經熒光染色或標記的單細胞懸液，被高壓壓入流動室內，在鞘液的包裹和推動下，細胞被排成單列，以一定速度從流動室噴口噴出。通過相應熒光檢測及充電，獲得目的細胞，實現單細胞分離。
優點：通量較高，可分選單個細胞。
缺點：需要具有分選功能的流式細胞儀，有穩定可用的熒光標記或熒光染料，需制備一定量的細胞懸浮液，不適用于微量樣本。
微流控分選基于流體力學原理實現細胞分選，適用于高通量、大規模的單細胞研究。近兩年大熱的平臺就是利用微流控技術進行單個細胞分選，其技術核心是含有75萬種油滴包裹的凝膠珠，能在10分鐘內自動完成多至80,000個細胞的捕獲，目前廣泛應用于細胞分群相關的研究中。
優點：分選通量高，成本低，采用商業化儀器操作簡便。
缺點：對細胞懸浮液活性要求較高（至少＞85%），細胞總量要求較高，若采用Barcode+UMI擴增原理，無法檢測全長轉錄本。
利用流式細胞分選技術進行的單細胞分選，具有精度高、通量大、分選參數多，成本相對低等優點。
但要通過流式分選出足夠多的符合要求的單細胞進行下游實驗并沒有那么容易。下面三方面是必須要考慮的問題：
1、活性
細胞活性狀態對后續實驗而言非常重要，就拿轉錄組分析為例，高通量表達譜芯片技術，需要高質量的RNA樣本，細胞活性不好或死細胞會直接導致RNA降解，實驗無法繼續。
2、精度
流式分選是精密度高的儀器，稍稍不同的參數（激光、液流等）的設置都會直接造成結果偏差；另外既然是想研究單細胞，那么就得確保分選得到的確為單個細胞，否則同樣沒有意義。
3、效率
自動化替代人工無疑是提高效率、節省成本的有力舉措；當你需要單細胞分選時，務必是個長時間工程，鞘液用光時，其更換繁瑣度、耗時、連續性等都是需要考慮的。
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