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高壓蒸汽滅菌器通過熱敏電極監測鍋內溫度變化，顯示屏上顯示的溫度是儀器內真實的工作溫度，在冷空氣沒有排凈的情況下，也可以保證滅菌的溫度要求。由于飽和水蒸汽的滅菌效果好，所以在使用自動控溫型滅菌鍋時，也應該排放冷空氣，提高滅菌效果，鍋下通常設有排水排氣閥，滅菌時可將排水閥向左(向右為排水)旋轉少許，讓少量蒸汽排出，也有的滅菌設備上設有可調排氣閥，滅菌時，始終保持排氣閥處于微開狀態，可起到排出冷空氣的作用。
該儀器的操作流程如下：
1.放置，將待滅菌的物品有順序地置于滅菌桶的篩架上，利于蒸汽的穿透，提高滅菌效果。
2.加水，在主體內加入清水3升，水位超過電熱管，以免電熱管被燒壞。連續使用時，必須在每次滅菌前補足上述水量。
3.密封，將放置好物品的滅菌桶放在鍋內，然后把蓋上的放氣軟管插入滅菌桶內側的半圓槽內，對正蓋與鍋內的螺栓槽，有序地將相對襯方的翼形螺母予以平衡旋緊，使蓋與鍋內密合。
4.干燥，物品滅菌完畢時，須迅速干燥。然后將滅菌器內的蒸汽迅速排出，待壓力表指針恢復到“零”位時，再稍等1-2分鐘，將蓋打開繼續加熱10-15分鐘，使物品上殘留水蒸汽得到蒸發，隨后關閉電源，停止加熱。
5.加熱，將高壓蒸汽滅菌器接上與銘牌標志電壓一致的電源，在加熱開始時應將放氣閥的摘子推至垂直“放氣”位置，使空氣隨著加熱閥逸去，待有較急的蒸汽噴出時，即將該摘子置于水平關閉位置，此時壓力表指針隨著加熱逐漸上升，指示出滅菌器內的壓力。
6.滅菌，當壓力達到所需的范圍，開始計算滅菌所需時間，并使之維持恒壓。儀器的安全閥能使之維持恒壓，如所需溫度低于上述溫度時，應在蒸汽壓力達到所需范圍時，適當調節電源開關，使在滅菌時間內維持恒壓。
7.冷卻，若是液體滅菌完畢時，切勿立即排出滅菌器內的蒸汽，由于液體的溫度未能迅速下降，而壓力蒸汽突然釋放，會使液體劇烈沸騰造成溢出或容器炸裂等危險事故。
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