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垂直電泳槽是一種與圓盤電泳槽在原理與結構上略有相似，卻在制膠和電泳方面存在某些差異的電泳槽種類中的一種。它一般被應用于分子生物學等領域。由于垂直電泳槽在使用過程中的要求較高，所以在使用時應當注意以下幾點：
分離膠濃度的選擇。低濃度膠對大分子量蛋白質分離效果好：高濃度膠對小分子量蛋白質分離效果好；
清洗玻璃板。玻璃板應清洗干凈，玻璃表面的油污會造成分離膠與濃縮膠界面的不平整。經用去污劑洗滌后的玻璃板先用蒸餾水沖洗，再用紗布蘸乙醇擦拭玻璃表面；
TEMED的加入量。TEMED是促進丙烯酰胺聚合的加速劑。加*果隨試劑保存時間而變化。對于陳舊試劑，可適當多加。事實上，配制分離膠時每塊膠板按2滴加入，效果也不錯；
丙烯酰胺的毒性。丙烯酰胺和甲叉雙丙烯酰胺都是神經性毒劑，對皮膚有刺激作用。但在形成凝膠后則無毒。操作時應戴橡膠或塑料手套，盡量避免接觸皮膚，并注意實驗后洗手；
電極緩沖液的配制。電極緩沖液的用量大、占體積、配制麻煩。如果經常跑膠，可考慮配制5X濃度的濃縮液。方法如下：將144g甘氨酸和30﹒2gTris溶于1升蒸餾水中。使用時稀釋5倍。
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