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目前在高效液相色譜中，分離效果好壞的一個重要指針是色譜填料的正確選擇，主要涉及到以下幾種填料：
1)硅膠基質填料
1、正相色譜正相色譜用的固定相通常為硅膠(Silica)以及其它具有極性官能團，如胺基和氰基的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其它極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組分的極性大小，即極性較弱的組份*先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如正己烷，氯*，二氯甲烷等。
2、反向色譜反向色譜用的填料常是以硅膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱官能團的鍵合相。反向色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組分*先被沖洗出，而極性較弱的組分在色譜柱上有更強的保留。常用的反向填料有C18、C8、C4等。
2)聚合物填料
聚合物填料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂等，其重要優點是在PH值為1-14均可使用。相對于硅膠基質的C18填料，這類填料具有更強的疏水性;大孔的聚合物對蛋白質等樣品的分離非常有效。現有的聚合特填料的缺點是相對硅膠基質填料，色譜柱柱效較低。
3)其它無機填料
其它HPLC的無機填料色譜柱也已經商品化，由于其特殊的性質，一般僅限于特殊的用途。如石墨化碳黑正逐漸成為反向色譜柱填料。這種填料的分離不同于硅膠基質烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎，不再需其它的表面改性。該柱填料一般比烷基鍵合相硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更強。石墨化碳可用于分離某些幾何異構體，由于在HPLC流動相中不會被溶解，這類柱可在任何PH與溫度下使用。氧化鋁也可以用于HPLC。氧化鋁微粒剛性強，可制成穩定的色譜柱柱床，其優點是可以在PH高達12的流動相中使用。但由于氧化鋁與堿性化合物的作用也很強，應用范圍受到一定限制，所以未能廣泛應用。新型色譜氧化鋯基質填料也可用于HPLC。商品化的只有聚全物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應用PH1-14，溫度可達100℃。由于氧化鋯填料是近幾年才開始研究，加之面臨的實驗難度，其重要用途與優勢尚在進行之中。
1)硅膠基質填料
1、正相色譜正相色譜用的固定相通常為硅膠(Silica)以及其它具有極性官能團，如胺基和氰基的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其它極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組分的極性大小，即極性較弱的組份*先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如正己烷，氯*，二氯甲烷等。
2、反向色譜反向色譜用的填料常是以硅膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱官能團的鍵合相。反向色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組分*先被沖洗出，而極性較弱的組分在色譜柱上有更強的保留。常用的反向填料有C18、C8、C4等。
2)聚合物填料
聚合物填料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂等，其重要優點是在PH值為1-14均可使用。相對于硅膠基質的C18填料，這類填料具有更強的疏水性;大孔的聚合物對蛋白質等樣品的分離非常有效。現有的聚合特填料的缺點是相對硅膠基質填料，色譜柱柱效較低。
3)其它無機填料
其它HPLC的無機填料色譜柱也已經商品化，由于其特殊的性質，一般僅限于特殊的用途。如石墨化碳黑正逐漸成為反向色譜柱填料。這種填料的分離不同于硅膠基質烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎，不再需其它的表面改性。該柱填料一般比烷基鍵合相硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更強。石墨化碳可用于分離某些幾何異構體，由于在HPLC流動相中不會被溶解，這類柱可在任何PH與溫度下使用。氧化鋁也可以用于HPLC。氧化鋁微粒剛性強，可制成穩定的色譜柱柱床，其優點是可以在PH高達12的流動相中使用。但由于氧化鋁與堿性化合物的作用也很強，應用范圍受到一定限制，所以未能廣泛應用。新型色譜氧化鋯基質填料也可用于HPLC。商品化的只有聚全物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應用PH1-14，溫度可達100℃。由于氧化鋯填料是近幾年才開始研究，加之面臨的實驗難度，其重要用途與優勢尚在進行之中。
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