在動物檢驗檢疫中核酸檢測技術的選擇有兩層含義：

*，是否應該選擇核酸檢測技術進行檢測；

第二，選擇何種核酸檢測技術。以下分別討論。

一、核酸檢測技術的適用范圍

核酸檢測技術適用于樣品中含有或可能含有病原微生物。有些疫病<如流感）可能只在感染的開始階段在宿主體內含有病毒，因此對這些疫病，在其康復期不宜使用核酸檢測技術進行檢驗；有些疫病，如豬圓環病毒病，宿主體內存在豬圓環病毒，并不意味著宿主一定患有圓環病毒病，因此對這些疫病也不宜使用核酸檢測技術進行檢驗。

二、核酸檢測技術和病原分離的關系

和病原分離相比，核酸檢測技術具有安全、簡便、快速、特異等優點，但是對某些病原體而言，核酸檢測的靈敏度和特異性等問題尚未完*，并且核酸檢測技術不能夠滿足有些檢驗檢疫的目的，如檢測有些病毒的毒力。諸如此類的原因，使得病原的分離對于有些疫病來說，仍然非常重要。

三、應考慮因素

在選擇何種核酸檢測技術的時候，我們需要考慮、國家或行業內的標準所包含的核酸檢測技術是什么，還要考慮各種方法的特性、實驗室的條件、實驗人員的技能、標本的質量、標本的性質、標本中待測基因的含量、檢驗檢疫的目的等因素，來選擇合適的核酸檢測方法。