1. 孔的數量

  大多數用戶在組織培養瓶上開始組織培養。不過，許多應用也需要多孔板。理想的數量嘛，取決于你所需的通量水平，以及是否有機器人的協助。*手動地向96孔板中添加試劑，這并非不可行，但有電動移液器或機器人的幫助當然更好。擴展到384孔板，就更加需要機器人，而1536孔板更是需要。當然，高密度多孔板的挑戰還在于分析小型化。

 2. 孔的形狀

  孔的底部可以選擇平的、圓的，或錐形的，這取決于細胞類型和下游應用。對于傳統的2D細胞培養，特別是需要對培養物進行成像或分光光度測定，通常常選平底。對于不存在接觸抑制的細胞，弧形底也不錯。圓底適合懸浮培養，因為圓的表面讓細胞難以附著和生長。而錐形底很少用于細胞培養實驗，但在細胞沉淀時可能有用。

 3. 微孔板的顏色

  多孔板的顏色也與應用息息相關。如果用相差顯微鏡或肉眼觀察細胞，可選擇透明的多孔板。不過，對于可見光光譜以外的應用，有顏色的多孔板則是必需的。在使用從頂部讀數的儀器時，底部應該是不透明的，而使用顯微鏡或底部讀數的儀器時，應選擇底部透明的多孔板。冷光樣品通常選擇白色表面，以便大限度提高信號的反射率，而大于300 nm的熒光應用通常使用黑色表面，以吸收激發信號。有顏色的表面還可以防止相鄰孔之間的信號串擾。

 4. 表面處理

  選擇哪種細胞表面處理，這要取決于你培養的是懸浮細胞還是貼壁細胞。對于懸浮或球體細胞培養，建議使用微孔板，對于那些敏感細胞或血清量減少的細胞，建議使用表面。
  后，當然不能忽視培養容器的質量。這不僅僅指微孔板，還包括與細胞接觸的一切，比如吸頭，以避免細胞污染或死亡。