一，液相色譜法在食品分析中的應用
液相色譜法在食品分析中的應用，從80年代才開始，在國家標準《食品衛生檢驗方法理化部分》GB5009-85中，尚無HPLC法，到了GB/T5009-1996中才增加此法。
1 ，在乳品分析中的應用
乳及乳制品的質量評價比較復雜，包括營養成分及含量、乳品的風味物質、藥物殘留和毒物種類及含量等多個方面，HPLC法可用于乳品中多種質量控制指標的檢測。乳及乳制品中富含糖、脂、蛋白質、維生素等營養以及強化的營養物質，HPLC技術幾乎可用于各種營養成分的檢測。在低分子糖類的測定中多采用氨基鍵合柱、糖類分析柱進行分離，也有研究者利用低成本非特定色譜柱測定低分子糖。
2，在肉制品分析中的應用
HPLC法可以測定肉制品中的獸藥殘留、致癌物質含量等。腌臘肉品中常添加硝酸鹽或亞硝酸鹽作發色劑用，由于添加量過大或自身的還原作用在肉品中生成N-亞硝胺。N-亞硝胺可誘發肝癌、結腸癌等。過去采用氣相色譜法測定食物中揮發性亞硝胺，其中僅色譜測定一步便需耗時1 h之多，而采用液相色譜法則只需要13 min左右。
3 ，在其它食品分析中的應用
HPLC可以廣泛地用于檢測食品的農藥殘留，食品中過量的食品添加劑，食品中違禁成分；也可用于食品中營養成分的分析。
二，液相色譜在環境分析中的應用
由于化學工業的發展和天然化合物的開發,使得環境污染越來越嚴重。據報道被確認為環境污染物的已超過350種,人們能在水中、空氣中、污泥里、魚、禽體內發現這些污染物。通過食物鏈,它們將進一步污染肉類、蛋類、糧食、蔬菜等。環境污染的檢測早已成為分析化學中重要的研究課題之一。
HPLC已在環境監測中得到廣泛應用,特別適用于分子量大、揮發性低、熱穩定性差的有機污染物的分離和分析如多環芳烴、酚類、多環聯苯、鄰苯二甲酸酯類、聯苯胺類、陰離子表面活性劑有機農藥、除草劑等,其中多數屬于美國*（EPA）清潔水法案中頒布的114項
優先有機污染物范圍。
三，液相色譜技術在藥品檢驗中的應用
現在,在藥品質量標準中,對有關物質檢查的要求越來越高,一個藥物從合成原料到制備有關的制劑,再經過貯備、運輸、使用,要經過一段較為復雜和漫長的過程,在此期間,每一個過程都有可能產生有關的物質,如生產中可能帶入原料、試劑、中間體、副產物和異構體等;在貯備和運輸過程中,可能產生降解產物,聚合物等。為了保證藥物的安全有效。同時也要考慮到生產的實際情況。因此,對藥物的研究,可以允許有一定量的無害或低毒性的有關物質液相儀器各廠家的儀器展。還有對藥品的含量測定，中藥成分的檢驗。
四，液相色譜在生命科學中的應用
如在變性液相色譜檢測法（DHPLC）在基因突變分析中的應用，DHPLC是近年來發展起來的一項相對較新的能夠滿足大規模基因變異檢測篩查的技術。1995年,Oefner和Underhill將這項技術推薦為用于突變檢測的新方法。DHPLC技術是一項在SSCP和DGGE基礎上發展起來的新的雜合雙鏈突變檢測技術,其原理與DGGE類似,即通過HPLC在部分變性的條件下可將發生錯配的異源雜合雙鏈DNA和*匹配的同源雙鏈DNA分離開來。它具有廉價省時、節約勞動力、靈敏性高、特異性強等優點。
五，液相色譜在微量元素中的應用
如對體內砷鹽的檢測。砷與人類的生活息息相關,是環境中存在的一種極為重要的非金屬元素。由于不同形態的砷其毒性各不同,因此無論對環境樣品、食品、藥物還是對人體的體液進行砷的形態分析都是至關重要的。液相色譜因具有較高的分離能力而被廣泛地應用于砷形態的分離研究中。隨著對分析靈敏度與準確度要求的不斷提高,作為砷形態分析的檢測器不斷發展,不同的聯用技術也日益完善。其中,電感耦合等離子體質譜法以其*的靈敏度、多元素同時檢測能力、極寬的動態范圍以及同位素比檢測能力而被成功地作為液相色譜的檢測器,廣泛地應用于砷的形態分析中。

總之，液相色譜分析方法不僅在分離速度、分離效能,檢測靈敏度、自動化等方面具有著巨大的優勢,還具有樣品適用范圍廣（特別對熱不穩定物,難氣化的樣品）等優點。因此它已在儀器分析法中占有愈發重要的地位,是藥品質量控制的關鍵技術之一。