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底部沉積物采樣：沉積物可用抓斗、采泥器或鉆探裝置采集。
典型的沉積過程-般會出現分層或者組分的很大差別。此外，河床高低不平以及河流的局部運動都會引起各沉積層厚度的很大變化。采泥地，點除在主要污染源附近、河口部位外，應選擇由于地形及潮汐原因造成堆積以及底泥惡化的地點。另外也可選擇在沉積層較薄的地點。在底泥堆積分布狀況未知的情況下，采泥地點要均衡地設置。在河口部分，由于沉積物堆積分布容易變化,
必須適當增設采樣點。采泥方法，原則在同一地方稍微變更位置進行采集。
混合樣品可由采泥器或者抓斗采集。需要了解分層作用時，可采用鉆探裝置。
在采集沉積物時，不管是巖芯還是規定深度沉積物的代表性混合樣品，必須知道樣品的性質，以便正確地解釋這些分析或檢驗。此外，如對底部沉積物的變化程度及其性質難予預測或根本不可能知道時，應適當增設采樣點。
采集單獨樣品，不僅能得到沉積物變化情況，還可以繪制組分分布圖，因此，單獨樣品比混合樣品的數據更有用。
樣品容器也適用于沉積物樣品的存放，均使用廣口容器。由于這種樣品含有大量的水分因此要特別注意容器的密封。
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