生化處理，這是整個處理工藝的核心，通過微生物的新陳代謝，分解廢水中溶解性機物；生化處理（二處理） 根據(jù)養(yǎng)殖廢水高生化性的特點，生化處理技術(shù)越來越多的出現(xiàn)在了養(yǎng)殖廢水處理中，生化處理根據(jù)其工作原理的不同可以分為：厭氧生化處理、好氧生化處理和自然處理法。

    ①厭氧生化處理： 厭氧生物處理技術(shù)即為在厭氧狀態(tài)下，污水中的機物被厭氧細菌分解、代謝、消化，使得污水中的機物含量大幅減少，同時產(chǎn)生沼氣的一種的污水處理方式。在厭氧處理過程中，廢水中的機物經(jīng)大量微生物的共同，被終轉(zhuǎn)化為甲烷、二氧化碳、水、硫化氫和氨等。 常用的方法：完混合式厭氧消化器（CSTR）、厭氧接觸反應(yīng)器、厭氧濾池（AF）、上流式厭氧污泥床（UASB）、厭氧流化床（AFB）、升流式固體反應(yīng)器（USR）等。目前內(nèi)養(yǎng)殖場廢水處理主要采用的是上流式厭氧污泥床及升流式固體反應(yīng)器工藝。

    ②好氧生化處理： 好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的機物終可被完氧化為簡單的機物。 該方法主要活性污泥法和生物濾池、生物轉(zhuǎn)盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。

    ③自然處理技術(shù)： 自然處理法是利用天然水體、土壤和生物的物理、化學與生物的綜合來凈化污水。其凈化方式主要包括過濾、截留、沉淀、物理和化學吸附、化學分解、生物氧化以及生物的吸收等。其原理涉及生態(tài)系統(tǒng)中物種共生、物質(zhì)循環(huán)再生原理、結(jié)構(gòu)與功能協(xié)調(diào)原則，分層多截留、儲藏、利用和轉(zhuǎn)化營養(yǎng)物質(zhì)機制等。這類方法投資省、工藝簡單、動力消耗少，但凈化功能受自然條件的制約。自然處理的主要模式氧化塘、土壤處理法、人工濕地處理法等。